Coarse-grained approaches to design and screen biomimetic peptides – CoarseScreen

Les peptides jouent un rôle essentiel dans la médecine moderne grâce à leur spécificité, leur efficacité et leur faible toxicité, offrant des solutions prometteuses pour diverses maladies. La conception de médicaments à base de peptides rencontre des défis liés à l'amélioration des propriétés pharmacocinétiques, telles que la stabilité métabolique, la perméabilité membranaire, le temps de résidence dans les tissus et la solubilité. Les modèles en grains grossiers, tels que le champ de force Martini, offrent une approche de criblage prometteuse à un stade précoce pour accélérer la découverte de peptides. Ce projet exploite Martini pour faire progresser la conception computationnelle et le criblage des peptides biomimétiques, en étendant le champ de force pour intégrer des techniques de macrocyclisation et plus de 300 acides aminés non canoniques. Le projet met en place une chaîne de criblage à haut débit pour les peptides, alimentée par Martini, en se concentrant sur des propriétés difficiles comme la perméabilité membranaire, la sélectivité et la solubilité. Les données générées pourraient être utilisées pour entraîner des prédicteurs basés sur l'intelligence artificielle et l'apprentissage automatique avec un domaine d'application élargi. À titre d'étude de cas, le projet se concentre sur la conception d'un peptide recruteur de ligase E3 pour la dégradation ciblée des protéines, démontrant le potentiel des modèles en grains grossiers dans la découverte de peptides.