Rôle des minéraux argileux dans la préservation de l'ADN environnemental – ClayMED

L’ADN environnemental correspond à l’ADN laissé par les organismes vivants et morts dans l’environnement. Aidé par le développement de séquenceurs nouvelle génération, l’ADN environnemental s’est imposé comme nouvelle technique de surveillance de la biodiversité non invasive pour les milieux naturels et les espèces. Le succès de cette approche est toutefois conditionné par la qualité et la quantité d’ADN pouvant être extraites du milieu naturel. Il semblerait que la préservation de l’ADN soit mieux assurée dans les environnements terrestres contenant des minéraux argileux, qui apporteraient une protection nécessaire contre la dégradation biotiques et abiotiques dans ces environnements. En revanche, ces minéraux argileux seraient également en cause dans la difficulté d’extraction de cet ADN dans les échantillons de sols et de sédiments. Les environnements riches en minéraux argileux pourraient donc être de véritables bibliothèques de la biodiversité présente et passée, dont l'exploitation efficace offrirait une base solide pour la mise en place de mesures politiques de préservation.

Le projet ClayMED vise à apporter des éléments de réponse quant aux rôles de ces minéraux argileux dans la préservation et l’extraction de l’ADN environnemental. Notamment, nous nous intéresserons aux rôles des hétérogénéités structurales que ce soit au niveau du minéral (taille de particule, densité de charges, accessibilité des interfoliaires) et du niveau de l’ADN (longueur des fragments d’ADN, simple brin et double brins) ainsi qu’aux conditions physico chimiques de mise en contact entre ces brins d’ADN et ces minéraux argileux, permettant ainsi de reproduire une grande variété de micro environnements naturels. Cet apport est essentiel pour cibler les environnements susceptibles de contenir une importante quantité d’ADN environnemental mais aussi pour développer des techniques d’extraction adaptées à la diversité des structures potentiellement formées dans les milieux naturels.