Identification des réseaux et des éléments cis-régulateurs symbiotiques chez les eucaryotes – SYNERGY

La diversité incroyable des eucaryotes est le résultat d'un processus évolutif continu et de l'émergence de traits fonctionnels tels que leur capacité à former des interactions mutualistes avec des champignons ou des bactéries. Chez les plantes et les insectes ces interactions ont joué un rôle majeur dans leur adaptation à différents milieux et leur diversification. Nous avons démontré que ces interactions sont également associé à des changements transcriptionnels profonds. Dans ce projet SYNERGY, nous proposons une approche intégrative de phylotranscriptomique afin d'identifier, pour de multiples interactions chez les plantes et les insectes, les réseaux de régulation associés. Pour cela, nous déploierons une approche de phylotranscriptomique permettant de combiner évolution et données transcriptomiques multi-espèces afin de compendre l'évolution de la régulation des intéractions mutualistes. De plus, nous comparerons ces réseaux de régulation entre les différentes interactions mutualistes afin de déterminer la part spécifique et partagé de ces réseaux à l'échelle des eucaryotes. Enfin, pour comprendre la mise en place de ces réseaux, nous déploierons l'approche de phylogénomique que j'ai développé permettant d'identifier des éléments cis-régulateurs associés à un trait fonctionnel donné. Nous comparerons enfin les différents éléments cis-régulateurs entre les différentes symbioses et les validerons fonctionnellement chez la plante modèle M. paleaceae. Cette approche intégrative permettra d'identifier les modules communs et spécifiques des réseaux de régulation des symbioses mutualistes ainsi que les éléments cis-régulateurs sous-jacents. Ces réseaux de régulation et éléments cis-régulateurs ainsi identifiés pourraient être utilisés afin d'améliorer les performances symbiotiques des espèces cultivées afin de limiter l'usage d'intrants chimiques.