Adaptation virale aux vaccins: de la théorie à l'analyse de données – VIRADAPT

La vaccination permet de protéger les individus contre les infections virales et de limiter la propagation des épidémies. Mais l’efficacité des vaccins est menacée par l’adaptation virale permettant de contourner les défenses immunitaires de l’hôte et/ou d’augmenter la transmission du virus. L’objectif du projet VIRADAPT est de mieux comprendre cette adaptation, d’identifier les stratégies vaccinales les plus durables, et de développer de nouvelles méthodes pour caractériser les phénotypes des variants.
Dans un premier temps (Work Package 1, WP1), nous développerons un cadre théorique à l’interface entre génétique des populations et épidémiologie mathématique prenant en compte les différentes étapes de l’adaptation d’un virus se propageant dans une population hétérogène d’hôtes (naïfs, immunisés naturellement ou vaccinés). Ces modèles permettront d’identifier les stratégies de vaccination qui limitent les risques d’adaptation.
Dans un deuxième temps (WP2), nous utiliserons notre nouveau cadre théorique pour caractériser les phénotypes qui gouvernent la propagation virale (la transmission, le contournement de l’immunité). Nous développerons une nouvelle méthode d’inférence statistique permettant d’estimer ces phénotypes à partir de la dynamique temporelle et spatiale des variants. Cette analyse de la dynamique de l’évolution virale dans différents pays (France, Royaume Uni, Canada) nous permettra de quantifier l’adaptation phénotypique des principaux variants du SARS-CoV-2 qui ont émergé lors des trois premières années de la pandémie.
Cette combinaison d’approche théorique et d’analyse de données nous permettra de mieux comprendre l’émergence et la propagation de l’adaptation virale.
VIRADAPT contribuera ainsi à l’optimisation des politiques de santé publique (1) en faisant des recommandations sur des stratégies plus durables de déploiement des vaccins, et (2) en développant une nouvelle méthode permettant de caractériser les phénotypes de nouveaux variants.