Dynamique d'Emergence des coronavirus Sarbecovirus : Mécanismes Zoonotiques – EmerCoV

Dix-sept ans après l’émergence du SRAS-CoV , c’est à nouveau un Betacoronavirus Sarbecovirus (le SARS-CoV2, coronavirus du COVID-19) qui émerge chez l’Humain en 2019, dans des circonstances proches de celles de 2002. Plus de 774 millions de cas confirmés et plus de 7 millions de décès sont aujourd’hui notifiés dans le monde (data.who.int/dashboards/covid19, 10 mars 2024, OMS). L’identité nucléotidique de ce virus est très proche des génomes des Sarbecovirus détectés chez des chauves-souris rhinolophes. Au-delà de l’origine biologique de ce virus, le contexte et les mécanismes qui favorisent l’émergence sont mal connus. La corrélation entre les changements globaux affectant les écosystèmes et le nombre d’émergences virales incite à approfondir les recherches sur les processus qui les lient. Le projet EmerCoV s’appuie sur des suivis étho-eco-virologiques de colonies de Rhinolophes hébergeant des Sarbecovirus et d’autres espèces, déjà réalisés durant 10 ans, et propose de poursuivre et articuler ces suivis sur le long-terme, en les complétant avec des approches expérimentales en modèles cellulaires et animaux ,qui permettront de disséquer les interactions virus-hôte (et notamment les barrières d’espèces à l’échelle de la cellule liées à l’entrée virale et l’immunité innée). Ces données étho-éco-virologiques seront intégrées dans une approche holistique inter-disciplinaire, où l'impact des changements globaux (modification des écosystèmes) sur le comportement de l'hôte, l'évolution virale et la probabilité de passage de la barrière d’espèce seront évalués en fonction des paramètres mesurés par des approches de modélisation mathématique associant notamment des modèles SIR et des modèles mixtes, pour proposer des modèles informés d’anticipation des émergences. Notre projet permettra de mieux comprendre les mécanismes favorisant l’émergence des coronavirus de chauves-souris dans un monde soumis à des changements globaux.