Determinants genetiques et phenotypiques de la non-reponse aux antibiotiques chez Escherichia coli: approaches in vitro et in vivo – GePheAnR

Les infections urinaires, problème de santé majeur, sont un exemple où les récurrences et l’émergence de la résistance aux antibiotiques sont fréquentes. Cependant, la re´sistance n’est pas toujours responsable de leur caracte`re re´cidivant. La tolérance et la persistance aux antibiotiques pourraient y contribuer de manière significative, cependant, elles ne sont pas testées en routine. Elles désignent des populations ou sous-populations qui survivent à des traitements bactéricides pendant une durée plus longue sans mécanisme de résistance. Les recherches se sont traditionnellement concentrées sur l'étude de la tolérance et de la persistance dans les milieux conditionnés et sur des souches adaptées au laboratoire. La diversité génétique des souches et le rôle incontournable de l'environnement dans la physiologie bactérienne nous poussent à étudier la tolérance dans des conditions qui reflètent les contextes cliniques. Nous proposons d'étudier la tolérance et la persistance aux antibiotiques chez des isolats cliniques in vitro et in vivo en utilisant un modèle murin d'infection urinaire (pyélonéphrite). Les mécanismes génétiques de tolérance ne sont pas encore bien caractérisés, en particulier chez les isolats naturels de Escherichia coli, agent majeur des IU. Notre objectif est de comprendre comment la tolérance y a émergé. Nous travaillerons sur des souches tolérantes et y effectuerons du séquençage de transposons afin d’identifier des gènes essentiels pour la tolérance. Par ailleurs, une étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) sera réalisée sur une large collection de souches de E. coli afin de trouver les déterminants génétiques de la tolérance et persistance. L’utilisation d’environnements complexes in vivo et la découverte de nouveaux candidats impliqués dans la tolérance aux antibiotiques nous permettront de souligner comment des diagnostics et traitements personnalisés seraient souhaitables et pourraient être développés.