Classification automatique par apprentissage profond pour la bioindication des milieux aquatiques basée sur l’analyse d’images – BIOINDIC-IA

Les écosystèmes aquatiques sont soumis à de nombreuses pressions anthropiques. Ceci nécessite de développer des outils de diagnostic écologique innovants pour proposer des mesures de gestion robustes. Les outils actuels sont capables d'estimer l'état écologique à partir des caractéristiques taxonomiques (i.e., liste des espèces) et/ou des traits fonctionnels (i.e., attributs phénotypiques individuels) d'un groupe d’organismes donné. Or, ceci repose souvent sur des critères morphologiques parfois difficiles à caractériser. Dans ce contexte, l'objectif de BIOINDIC-IA est d'améliorer la biosurveillance des écosystèmes aquatiques en utilisant l'intelligence artificielle pour l'analyse automatique de la taxonomie (espèces) et des traits morphologiques à partir d'images de microscopie. Le projet se focalise sur deux organismes modèles : les diatomées benthiques d'eau douce, un bioindicateur reconnu dans la directive-cadre européenne sur l'eau, et les foraminifères benthiques marins, rarement inclus dans les évaluations écologiques malgré leur potentiel reconnu pour la biosurveillance des eaux côtières.