Diversité et adaptation métabolique des microorganismes face à l’augmentation des zones appauvries en oxygène dans les eaux douces – DIAMOND

Un des effets majeurs du réchauffement climatique est l'augmentation des zones dépourvues d'oxygène (O2) dans les écosystèmes aquatiques. En effet, les niveaux d'O2 dans les eaux profondes des lacs tempérés ont diminué de près de 19% ces dernières quarante années. L'O2 étant le support des réseaux trophiques aquatiques, sa diminution a de fortes implications sur l'ensemble de l'écosystème, menaçant la biodiversité et les services écosystémiques. Bien que l'effet de la diminution de la teneur en O2 soit actuellement étudié pour les animaux marins, les microorganismes sont rarement considérés dans ce contexte. Les microorganismes sont pourtant des composants majeurs des environnements aquatiques. Les impacts écologiques de l'expansion des eaux appauvries en O2 sont susceptibles d'affecter directement et indirectement les communautés microbiennes prospérant dans ces habitats (perte de taxons, adaptation de niche, perturbation des interactions, migration, remplacement d'espèces, etc.). De plus, la diminution des niveaux d'O2 dans les eaux pourrait être accompagnée d'une augmentation de la production de gaz à effet de serre (GES) par les archées et les bactéries. Ce projet vise à améliorer nos connaissances sur la dynamique de la diversité microbienne et l'adaptation en réponse aux changements globaux, ainsi que sur le fonctionnement et la résilience des lacs d'eau douce. La diversité microbienne passée (approche paléolimnologique, carotte sédimentaire du lac Aydat), présente (suivis du lac Aydat pendant 3 ans) et future (expériences en microcosmes) sera évaluée en relation avec la concentration en O2. L'adaptation métabolique sera étudiée par une approche de métatranscriptomique. Les microorganismes (taxa et gènes) impliqués dans la production de GES seront identifiés et les concentrations de gaz (CH4, CO2, N2O) seront mesurées en relation avec la dynamique du lac et également en conditions expérimentales.