Evaluer la contribution des virus dans les transferts horizontaux d'ADN – VIRHOZFER

Ce projet vise à évaluer la contribution des virus comme vecteurs de transfert horizontal de matériel génétique entre insectes (TH). Ce type de transfert est défini comme le passage d’ADN entre organismes par des moyens autres que la reproduction. Nous nous focaliserons sur les TH d’éléments transposables (THE), le type de transfert le plus fréquent chez les eucaryotes, et concentrerons nos efforts sur les insectes, un groupe d'animaux chez lequel les THE sont très répandus. Le premier work package (WP) consistera à mesurer expérimentalement la fréquence des THE hôte-vers-virus, virus-vers-virus et virus-vers-hôte chez des papillons et des espèces de drosophiles infectées par un ou deux ou trois virus (un baculovirus, un iridovirus et un virus domestiqué de guêpe parasitoïde). Dans le deuxième WP, nous effectuerons des criblages bioinformatiques à grande échelle de THE entre insectes et testerons si le nombre de THE entre espèces s'explique par la présence de virus. Cela sera fait sur tous les génomes d'insectes disponibles dans NCBI, dans lesquels les virus endogènes seront utilisés comme proxy pour caractériser la flore virale des insectes, et sur un sous-ensemble d'échantillons de terrain disponibles dans la base de données SymbioCode hébergée par le partenaire 2, dans laquelle la flore virale sera caractérisée à l'aide de PoolSeq de plusieurs individus pour chaque espèce d'insecte. Dans le troisième WP, nous mettrons en œuvre une approche de modélisation visant à dériver un modèle formel intégrant les TH et leurs vecteurs putatifs comme variables explicatives de la distribution des familles d'éléments transposables. Nous développerons différents modèles de niveaux de complexité croissants, dont l'un prendra explicitement en compte un rôle possible des virus en tant que vecteurs de THE. Dans son ensemble, cette combinaison d’approches multi-échelles apportera un nouvel éclairage sur les aspects mécanistiques des THE, et elle nous permettra d’évaluer si les virus ont contribué à façonner la distribution des THE chez les insectes.