Exploration de la fonction des protéines alternatives produites à partir des « ARN non-codants » dans la croissance et la reproduction – AltFUNC

Lors de l’annotation de génome, un des critères majeurs utilisés pour définir un gène codant pour une protéines est que l’ORF (Cadre de lecture ouvert) doit faire au moins 100 codons. Cependant, des études récentes ont démontré que des protéines peuvent être produites à partir de petits ORFs (moins de 100 codons). Ces protéines, appelées protéines alternatives (AltProts), semblent réguler des processus cellulaires clés. Du fait de l’étendue de leurs fonctions, les AltProts représentent un répertoire de nouvelles molécules très attractif pour des applications médicales et agronomiques.
Bien que l’existence de milliers de petit ORFs au travers des différentes espèces ait été prédite, jusqu’à présent seulement quelques centaines d’AltProts ont été validées toutes espèces confondues, et la fonction d’une cinquantaine est connue à ce jour. Nous avons récemment identifié 52 AltProts produites à partir d’ARNs annotés comme non codant (lncRNAs) chez l’espèce modèle Drosophila melanogaster. De manière surprenante, 12 d’entre eux sont exprimés principalement dans les cellules liées à la spermatogénèse, suggérant que ces AltProts peuvent être impliquées dans la reproduction. De plus, nous avons également identifié une AltProt, nommée miPEP14, comme régulant la croissance de l’organisme. La combinaison de données de transcriptomique et d’interactome semble pointer vers un rôle de miPEP14 dans la régulation des voies de signalisation de l’ecdysone et de l’insuline, deux hormones bien connues pour moduler la croissance de l’organisme. A ce jour, il n’a pas été montré d’implication des Altprots dans ces processus biologiques.
Le but du projet AltFUNC est d’explorer les fonctions des protéines alternatives produites à partir d’ARNs qu’on pensait non codants dans la croissance et la reproduction. Nous utiliserons Drosophila melanogaster pour explorer le rôle des AltProts dans ces processus biologiques. Nous allons préciser le rôle de miPEP14 relié aux voies de l’ecdysone et de l’insuline et caractériser la fonction des AltProts nouvellement identifiées dans la reproduction grâce à une combinaison d’approches d’interactome et de modification génétique.