Fonctionnalisation de de la surface interne de gouttes d’eau dans l’huile pour la caractérisation et la modulation d’interactions ARN/protéines – SURF

Les particules ribonucléoprotéiques (RNP) sont formées d’ARN associés à des protéines et jouent un rôle central dans systèmes biologiques (maintien de l’homéostasie cellulaire, établissement de processus infectieux ou pathologiques). L’identification des constituants de ces RNP a connu une véritable explosion au cours de la dernière décennie grâce à des approches analytiques à haut débit. La caractérisation fine de l’interaction des composants de ces RNP requiert ensuite l’analyse d’un grand nombre de mutants. Alors que plusieurs méthodologies à haut-débit ont été mises au point pour l’analyse de banques de mutants d’ARN, les progrès ont été plus modestes du coté protéique. Pour pallier ce manque et ainsi combler le vide technologique existant, nous proposons « SURF », un projet hautement pluridisciplinaire visant à développer une nouvelle chimie pour la capture efficace d’ARN cibles en surface de gouttelettes d’eau dans l’huile produites, manipulées et analysées à raison de plusieurs millions par heure dans des systèmes microfluidiques. Des banques de gènes codant pour des mutants de la protéine étudiée et fusionnée à un domaine fluorescent seront ensuite exprimées in vitro à raison d’un mutant (produit en grand nombre de copies) par goutte. Ainsi, un mutant capable d’interagir avec la séquence ARN cible conduira à une localisation de la protéine fluorescente en surface de la goutte, la rendant facilement discriminable d’une goutte contenant un mutant incapable de reconnaitre sa cible (fluorescence restant diffuse dans la goutte). Appliquée et validée sur divers modèles biologiques, cette technologie permettra non seulement de caractériser finement la formation des RNP, mais aussi d’en reprogrammer la spécificité, voire d’identifier des molécules capables de moduler cette interaction. Enfin, ce projet sera aussi l’occasion d’explorer des surfactants aux chimies alternatives, moins impactantes pour l’environnement.