De la source à l'utilisateur : décryptage de l’impact du microbiome et des paramètres physico-chimiques de l'eau sur les pathogènes opportunistes d'origine hydrique – MicroPathWater

Les pathogènes opportunistes d'origine hydrique, tels que les bactéries des genres Legionella, Pseudomonas et les mycobactéries non tuberculeuses, représentent une menace de maladie infectieuse émergente, en raison à la fois de l'augmentation constante de la population à risque comme des personnes immunodéprimées et des nouvelles conditions imposées par le changement climatique (températures plus élevées et surplus de précipitations). Leur capacité à résister à la désinfection et à la prédation par les amibes fait qu’éradiquer cette menace de l’eau potable est un défi. Notre hypothèse est que les paramètres physico-chimiques de l'eau et les interactions écologiques, en particulier avec les amibes, ont un fort impact sur la présence et l'abondance de ces pathogènes opportunistes d'origine hydrique. Ce projet vise donc à réaliser une caractérisation approfondie de la distribution des pathogènes opportunistes dans les systèmes d'eau potable et à décrypter les facteurs (biotiques et abiotiques) qui sont essentiels pour contrôler leur présence et leur prolifération. Le projet est basé sur un large échantillonnage spatial et temporel depuis la source d'eau jusqu'à l'utilisateur final. La présence et l'abondance de ces pathogènes seront analysées au niveau de l'espèce grâce à des approches innovantes de meta-barcodage et de dPCR. Cette analyse sera couplée à une caractérisation complète du microbiome inter-règnes de l'eau et des paramètres de l'eau, afin d'analyser leur impact sur ces bactéries opportunistes, et ceci à plusieurs niveaux : présence, abondance, quantification absolue, viabilité, interactions écologiques et traits génomiques fonctionnels. En particulier, l'analyse du microbiome des amibes libres mettra l’accent sur l'interaction écologique de ces dernières avec les bactéries pathogènes.
Tous les résultats obtenus révéleront les facteurs clés pour prédire et façonner le microbiome de l'eau potable. Des informations qui sont requises de toute urgence pour comprendre comment la communauté microbienne évolue en réponse à un stress environnemental ou à une catastrophe et quelles sont les implications pour la santé humaine.