Retracer l'expansion globale de Yersinia enterocolitica et l'évolution de ses génotypes, à partir d'une perspective One-Health – RETRACE

Les espèces de Yersinia sont des modèles utiles pour étudier l'émergence de la pathogénicité dans le monde bactérien à partir d'une perspective One-Health. En effet, elles comprennent des bactéries environnementales ainsi que des agents pathogènes d'origine alimentaire et à transmission vectorielle. Yersinia enterocolitica est une espèce complexe et peu étudiée qui possède un réservoir chez les animaux sauvages et d'élevage, et qui est actuellement responsable de la troisième zoonose bactérienne d'origine alimentaire la plus fréquente dans les pays tempérés. Nous proposons d'étudier la propagation mondiale de Y. enterocolitica et l'évolution de la pathogénicité au sein de ses sous-groupes en caractérisant, à partir d'une perspective One-Health, la collection de l'Institut Pasteur de plus de 37 000 spécimens isolés de sources environnementales, alimentaires, animales et humaines entre 1932 et 2022 dans plus de 60 pays, qui couvrent tous les continents. En sélectionnant et séquençant les génomes de 2 000 isolats spécifiques de cette collection, nous appliquerons des méthodes bioinformatiques avancées pour caractériser finement l'espèce Y. enterocolitica et ses lignées d'un point de vue génomique, en établissant chaque fois que possible des associations entre les lignées et les niches/hôtes/réservoirs ainsi que les emplacements géographiques. Nous étudierons également, à l'échelle mondiale et à l'échelle locale (France), les variables anthropologiques qui seront confrontées aux données génomiques afin de comprendre la distribution actuelle de Y. enterocolitica dans le monde, ainsi que l'évolution de son potentiel pathogène.