LabCom - V2 - Laboratoires communs organismes de recherche publics – PME/ETI - Vague 2

Laboratoire pour analyses Single-Cell des microorganismes – MICROSCALE Lab

Résumé de soumission

L’UMR ECOBIO et la société Cellenion proposent de créer le Laboratoire Commun MICROSCALE-lab, dans les domaines de la microbiologie et de la biologie moléculaire, pour l’analyse de cellules procaryotes uniques. MICROSCALE-lab s’articule autour de trois axes de R&D : (i) IsoCell qui vise l’isolement de cellules uniques microbiennes à partir d’une communauté complexe à l’aide des systèmes cellenONE, (ii) IsoGenes et (iii) IsoTrans, respectivement centrés sur l’analyse des génomes et des transcriptomes des cellules microbiennes uniques. Ces trois axes ont pour objectif global de proposer un système complet (isolement, préparation de librairies de séquençage et analyse bioinformatique) pour l’étude des cellules microbiennes uniques, créant une rupture conceptuelle et technologique pour l’étude des communautés microbiennes, face aux outils ‘méta-omiques’ actuellement employés. En effet, ces derniers laissent percevoir leurs limites malgré les avancées significatives qu’ils ont permis dans le domaine de la microbiologie ces dernières décennies. Un besoin de nouveaux outils de décryptage de la diversité microbienne, et de ses fonctions, émerge donc actuellement. En développant des systèmes de tri de cellules procaryotes jusqu’alors utilisés uniquement sur cellules eucaryotes, et en les associant à des outils d’analyse moléculaire et bioinformatique, MICROSCALE-lab compte répondre à ce besoin. Ces avancées ouvriront de nouvelles voies dans différents domaines de recherche, à la fois fondamentaux et appliqués, ciblés sur le microbiote. MICROSCALE-lab bénéficiera de l’alliance des expertises du laboratoire ECOBIO en écologie microbienne et génomique environnementale, et de l’entreprise Cellenion en conception d’outils pour l’isolement et l’étude de cellules uniques et la biologie moléculaire. Les deux partenaires du projet avanceront en étroite collaboration sur les trois axes de R&D, exploitant au mieux leurs infrastructures, compétences et expertises respectives.
Depuis 20 ans, l’UMR ECOBIO développe une activité de recherche dans les domaines de l’écologie microbienne et de la microbiologie environnementale reconnue à l’échelle internationale grâce à la publication de nombreux articles à comité de lectures internationaux dans des revues à haut facteur d’impact. L’équipe de recherche mobilisée pour MICROSCALE-lab est ainsi constituée de microbiologistes de spécialités complémentaires, à l’intersection de différentes disciplines scientifiques centrées autour de l’écologie microbienne. De plus MICROSCALE-lab s'appuiera sur les moyens techniques et humains de la plateforme de Génomique Environnementale et Humaine (GEH) hébergée par l’UMR ECOBIO. De son côté, Cellenion, SASU en très forte croissance, développe des produits et solutions pour l’isolement de cellules uniques et notamment la technologie cellenONE, commercialisée à l’échelle internationale. L’équipe de recherche pluridisciplinaire de Cellenion allie savoir-faire démontré en biologie moléculaire et cellulaire et microbiologie, et fortes compétences en (bio)informatique et ingénierie de l’automatisation et de l’optique. Forte de cette association entre ECOBIO et Cellenion, MICROSCALE-lab ciblera le marché industriel de l’analyse de cellules uniques actuellement en plein développement,se positionnant dans le domaine de l’étude des microbiotes en santé, environnement, bioproduction, agroalimentaire, cosmétique..., tout en ouvrant de nouvelles possibilités de générer des données inédites sur les microbiotes et leur fonctionnement, augmentant les connaissances fondamentales majeures en microbiologie et en écologie microbienne.

Coordination du projet

Philippe VANDENKOORNHUYSE (UMR6553 Ecosystèmes Biodiversité Evolution)

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

ECOBIO UMR6553 Ecosystèmes Biodiversité Evolution
Cellenion SASU

Aide de l'ANR 362 962 euros
Début et durée du projet scientifique : mai 2021 - 54 Mois

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