Etude comparative des réponses anticorps muqueuses et systémiques contre le SRAS-Cov2 – MUCOSA

- Echantillonnage dans le protocole CURIOSA. Le jour de l'inclusion, le volontaire a été enregistré dans le système de gestion du laboratoire du Service de biologie et de médecine théranostique de l'Institut Curie avec l'attribution d'un numéro unique spécifique à l'étude, permettant la pseudonymisation et servant de clé de consolidation biologique et données cliniques sous forme d'auto-questionnaires. Les prélèvements sanguins sont effectués à 4 temps : T0 (jour d'inclusion), 3, 6 et 12 mois post-inclusion. Les prélèvements nasopharyngés sont réalisés à 3 temps : 3, 6 et 12 mois post-inclusion. En cas d'infection entre les prélèvements, si le volontaire répond à l'un des quatre critères ci-dessus, un écouvillonnage nasopharyngé sera effectué lors des visites suivantes.
- Préparation et stockage des échantillons. Après centrifugation de l'échantillon sanguin, le sérum est isolé, préparé, aliquoté et biobanqué au laboratoire d'Immunologie Clinique de l'Institut Curie. Les échantillons sont envoyés congelés à l'Institut Pasteur pour l'analyse. L'Unité Immunité innée (Institut Pasteur / Inserm U1223) a mis en place des protocoles d'extraction d'échantillons nasopharyngés permettant d'obtenir du matériel adapté aux analyses de cytokines, d'anticorps ainsi que des communautés microbiennes nasales. Le stockage se fera dans le laboratoire d'immunologie clinique qui participe au CRB de l'Institut Curie conformément à la norme NF S 96-900.
- Gestion de données. L'enregistrement des volontaires et la collecte des données cliniques sont organisés par l'unité d'investigation du Service Recherche de l'Ensemble Hospitalier de l'Institut Curie. Le numéro d'enregistrement unique du système de gestion de laboratoire est le numéro d'enregistrement du volontaire dans l'e-CRF. Les données pseudonymisées de l'étude : critères d'éligibilité, calendrier des prélèvements, données cliniques seront collectées dans un e-CRF dans l'outil Ennov Clinical et seront gérées par la cellule Data Management du pôle Biométrie de la DREH (création de l'e-CRF et la base de données, qualité, exhaustivité et cohérence des données, gel de base, extraction, conservation des données).
- Tests pour la détection d'anticorps et le test de neutralisation. Les sérums et les échantillons nasopharyngés seront testés en utilisant l'approche S-Flow (O Schwartz ; Institut Pasteur) pour caractériser les sérums et les échantillons nasopharyngés pour les IgA et IgG spécifiques du SARS-CoV-2. Le test de neutralisation des pseudovirus (PNT) sera réalisé par François Anna (Institut Pasteur) pour détecter les anticorps capables d'inhiber l'entrée virale médiée par le pic SARS-CoV-21. Concernant les analyses de cytokines, des ELISA numériques basés sur Luminex et SiMOA sont disponibles qui peuvent quantifier diverses cytokines inflammatoires dans le nasopharynx de donneurs sains, de patients infectés par le SRAS-CoV-2 et de personnes convalescentes COVID-19 (laboratoire D Duffy à l'Institut Pasteur).

Après les 6 premiers mois du présent projet MUCOSA, nous avons réalisé le WP1 dont l'objectif est d'identifier la nature et la quantité d'anticorps anti-SARSCov2 (IgM, IgG, IgA) dans les échantillons de muqueuse qui étaient déjà disponibles au moment de l'étude commençant par le Protocole Curiosa (T0, 3 et 6 mois). La quantification de ces paramètres dans l'écouvillon nasal a été réalisée par l'Institut Pasteur en utilisant la technique S-flow pour les 432 prélèvements.
Comme proposé pour compléter notre étude, nous avons inclus un point de temps à 12 mois pour analyser d'avantage les réponses en anticorps. Les inclusions et l'échantillonnage correspondant sont finalisés. 886 échantillons de sang et 17 échantillons d'écouvillonnage nasal ont été collectés. Comme le vaccin induit des anticorps contre la protéine S alors que l'infection naturelle stimule également une réponse anti-N, les infections asymptomatiques chez les patients vaccinés sont détectées par une augmentation des titres d'anticorps anti-N. Nous avons déjà quantifié les anticorps IgG anti-S et anti-N pour les 886 échantillons de sang. Les 17 écouvillonnages nasaux sont en cours de quantification. Tous les échantillons positifs pour les anticorps anti-S ont été analysés par un test de neutralisation des pseudovirus (PNT).
Des analyses de cytokines, à la fois basées sur Luminex et ELISA numérique SiMOA, sont disponibles et peuvent quantifier diverses cytokines inflammatoires dans le nasopharynx de donneurs sains, de patients infectés par le SRAS-CoV-2 et de personnes convalescentes COVID-19. Les données sont actuellement analysées à l'Institut Pasteur.
Les données brutes (taux d'anticorps systémiques, taux de PNT, âge, sexe, anosmie/agueusie, statut vaccinal ou infectieux et date) sont partagées (début décembre) à « Santé Publique France » afin de participer à la simulation mathématique/statistique de la propagation du virus et de mieux gérer l'évolution de la pandémie.
L'analyse (WP2 et WP3) démarrera dès que toutes les données seront disponibles.

Le projet quantifiera la prévalence des réponses muqueuses par rapport aux réponses systémiques et permettra de détecter de nouvelles réinfections asymptomatiques ou symptomatiques au cours de la deuxième phase prolongée actuelle.
Les données sont partagées avec Santé publique France, et les résultats seront publiés.

NA

La relation entre la réponse des anticorps de la muqueuse nasale et la réponse systémique (sang périphérique) au cours de l'infection par le SARS-CoV2 est peu connue. Notamment : quel est le rôle respectif de la réponse locale et systémique dans la protection contre la maladie ? Sur la base d'une cohorte de 1900 employés de l'Institut Curie, suivis par 4 points de prélèvements dans le temps après le début de la première vague et pendant la seconde vague d'infections, nous évaluerons la réponse immunitaire mucosale par rapport à la réponse immunitaire systémique et aux variables cliniques. Une première analyse récemment publiée sur les deux premiers points temporels comprend la quantification des anticorps de type IgG dirigés contre les protéines N, et S du virus, et la capacité de pseudo-neutralisation du virus par ces anticorps, associés aux variables cliniques. Toutefois, la réponse immunitaire locale n'a pas été évaluée. Au cours du présent projet, nous allons mesurer la réponse locale anticorps anti-N et anti-S dans les échantillons de muqueuse nasale déjà disponibles (n = 283 au mois 1 et 3; n = 157 au mois 6). Nous procéderons également à un autre prélèvement de sang et de muqueuse nasale à 12 mois. Cela permettra : i) une comparaison entre la réponse systémique et locale, ii) d'estimer le taux d'infections secondaires asymptomatiques en relation avec le type de réponse primaire, et iii) d’étudier la réponse clinique et la vaccination puisque l'épidémie est toujours en cours.