Détection saisonnière des Sarbecovirus chez les chauves-souris du Nord Vietnam – SO-VIET-BAT

Dix mois après les premiers cas de Covid-19 signalés à Wuhan, l’origine du virus SARS-CoV-2 fait toujours débat. Afin d’éviter que d’autres épidémies ne surviennent à l’avenir, il apparaît crucial d’identifier les différentes étapes ayant conduit à la première contamination humaine par un animal, notamment la façon dont les Sarbecovirus circulent et évoluent entre les espèces réservoirs, i.e., les chauves-souris du genre Rhinolophus (rhinolophes).
La phylogénie des génomes viraux appartenant au sous-genre Sarbecovirus montre l’existence de deux lignées divergentes chez les chauves-souris de Chine, correspondant respectivement aux virus humains SARS-CoV et SARS-CoV2. Par ailleurs, les analyses phylogéographiques suggèrent que ces deux lignées sont originaires du Yunnan, une province du sud-ouest de la Chine. Toutefois, très peu d’études de terrain ont été menées sur les coronavirus de chauves-souris dans les pays d’Asie du Sud-Est. Notre projet vise à combler cette lacune en étudiant des chauves-souris échantillonnées entre avril et octobre 2021 dans plusieurs grottes du Nord Vietnam. Cette région karstique, adjacente à la province du Yunnan, est située dans la zone de transition entre les climats tempérés et intertropicaux. Elle abrite une centaine d’espèces de chauves-souris, dont R. sinicus, le principal hôte réservoir de la lignée SARS-CoV, ainsi que les deux espèces de rhinolophes à partir desquelles les deux virus les plus proches du SARS-CoV-2 ont été séquencés (RaTG13 et RmYN02), à savoir R. affinis et R. malayanus. Cela suggère que les chauves-souris du Nord Vietnam sont également susceptibles d'héberger une diversité similaire de Sarbecovirus.
Tout d’abord, nos études de terrain permettront de mieux comprendre les variations saisonnières des assemblages de chauves-souris dans plusieurs grottes du Nord Vietnam. Autrement dit, nous déterminerons la diversité des espèces nichant dans ces grottes, leurs proportions relatives en termes d’individus, mais aussi les variations saisonnières d’occupation des sites. Ces données seront essentielles pour comprendre les modalités de transmission des virus entre les chauves-souris. Le gène mitochondrial Cox1 sera séquencé pour toutes les chauves-souris examinées de façon à valider les identifications d’espèces réalisées sur le terrain et à étudier la phylogéographie des espèces de rhinolophes. Du point de vue virologique, nous analyserons les fèces des chauves-souris pour détecter et séquencer de nouveaux génomes de Sarbecovirus.
Les résultats attendus de cette recherche fourniront de nombreuses informations sur : (1) les variations saisonnières des assemblages de chauves-souris dans les grottes du Nord-Vietnam; (2) la détection saisonnière des Sarbecovirus chez les chauves-souris capturées dans ces sites ; (3) la phylogéographie comparée de espèces de rhinolophes identifiées comme hôtes réservoirs des Sarbecovirus ; (4) le rôle de la recombinaison génomique sur le saut de la barrière des espèces hôtes ; et (5) l'impact potentiel du bouleversement climatique anthropique sur la circulation des virus entre les espèces de chauves-souris. Ces nouvelles informations fondées sur les connaissances seront des éléments essentiels des programmes de lutte contre les maladies et de conservation des chauves-souris.