Rôle des interactions tripartites entre bactériophages, bactéries et l'hôte dans la santé intestinale – VENTRIS

Le tractus intestinal abrite une communauté microbienne densément peuplée, ou microbiote et de plus en plus d’études suggèrent que cette relation commensale définit l'état de santé humaine. Au sein de cette communauté, la richesse et la diversité des bactéries sont définies par la physiologie intestinale (métabolisme, immunité...) et par des facteurs externes (nutriments, médicaments...) et sont souvent décrites comme cruciales pour le maintien d'un état de santé, tandis que s'écarter de cette situation peut entraîner des troubles transitoires ou chroniques.
Mais le microbiote intestinal est composé d'autres fractions microbiennes, notamment de bactériophages (phages), les virus spécifiques des bactéries. Des études de viromique ont montré que les phages intestinaux sont très diversifiés et stables dans le temps, et qu'ils sont très spécifiques à chaque individu. Des signatures métagénomiques d'abondance et de diversité des phages ont été reportées comme étant associées à plusieurs maladies, telles que les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). En outre, de plus en plus de données suggèrent que le transfert de phages intestinaux est crucial pour le succès de la transplantation de matières fécales (FMT) dans la résolution de la récurrence des infections à Clostridioides difficile.
Bien que d'une importance inestimable, ces études restent largement descriptives et limitées par rapport à la caractérisation des interactions qui ont lieu entre l'organe intestinal et son microbiote. Par conséquent, de nombreuses questions restent en suspens quant au rôle des intéractions phages-bactéries dans la détermination ou la contribution à un état de santé ou de maladie. VENTRIS est un projet de recherche visant à caractériser les mécanismes écologiques et moléculaires régissant l'interaction tripartite entre les phages, les bactéries et le tractus intestinal dans des conditions saines et inflammatoires. Cet objectif sera atteint en caractérisant (i) l'impact des phages sur la barrière intestinale et son état inflammatoire, en utilisant des modèles in vitro et ex vivo, y compris des échantillons cliniques issus de patients atteints de MICI; (ii) les mécanismes de la coexistence à long terme, des phages et des bactéries dans un modèle murin de microbiote contrôlé en présence et en l'absence d'inflammation intestinale ; (iii) le potentiel des phages intestinaux dans le contrôle ou l'inversion de l'inflammation intestinale en modulant le microbiote intestinal. Ce projet aura un impact sur la compréhension des dynamiques régulant l'homéostasie du microbiote. Ces connaissances ouvriront la voie au décryptage des données métagénomiques associées à des états sains et malades et à la conception de la préservation et de la restauration ciblées de la santé intestinale à l'aide d'options thérapeutiques basées sur les phages.