Identification à haut débit des progéniteurs de résistance aux antibiotiques dans des écosystèmes interactifs : PRE-EMPT – PRE-EMPT

L'émergence mondiale de bactéries multirésistantes aux antibiotiques repose sur la capacité d’éléments génétiques mobiles (EGM) à propager les gènes de résistance (ARG), et sur la capacité de dissémination de certains clones. Les preuves de l'origine environnementale de la résistance aux antimicrobiens (AMR) montrent la nécessité de surveillance de l’émergence. L'objectif du projet PRE-EMPT est d'identifier et de quantifier le réservoir d'ARG mobiles dans différents environnements et de caractériser le potentiel de transfert de ces gènes chez des agents pathogènes, en combinant des techniques à haut débit reliant les gènes, les EGM et les communautés bactériennes. Nous allons cibler 3 sites environnementaux, urbains, animaux et littoraux, combiner des techniques de métagénomique avec des méthodes d’enrichissement (PCR ciblée, hybridation/capture, Hi-C), caractériser les propriétés fonctionnelles des ARG identifiés, évaluer la dissémination de ces ARG dans les communautés bactériennes.