DONNEES - Appel flash science ouverte : Pratiques de recherche et données ouvertes

Une passerelle entre les outils de gestion de données d'imagerie pour appliquer les principes FAIR – OpenLink

Résumé de soumission

Depuis 2018, l'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC) s'est engagé à adopter une nouvelle approche pour conduire des changements globaux dans la gestion des données scientifiques et à suivre les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Pour relever ce défi, l'IGBMC s'appuie sur des outils numériques mis en place au niveau national, tels que le tableau de bord du plan de gestion des données OPIDoR ou le cahier de laboratoire électronique LabGuru, mais également sur une solution de gestion locale des données comme des outils de stockage, de visualisation et d'annotation OMERO, ainsi qu'un entrepôt de données institutionnel permettant aux chercheurs d’archiver leurs travaux de manière durable et sécurisée.
À ce jour, nous avons identifié deux paramètres majeurs qui limitent l'efficacité de notre organisation. Premièrement, les outils numériques hétérogènes mis à la disposition des équipes de recherche entraînent une dispersion des données et une perte de métadonnées. Deuxièmement, au-delà du soutien qui peut être offert aux chercheurs pour utiliser ces outils, leur adoption ou leur utilisation quotidienne reste complexe, car elle nécessite un suivi constant et régulier pour rester en phase avec les principes de FAIR.
Dans ce contexte, l'IGBMC entend associer son service informatique, son centre d'imagerie et trois équipes de recherche pour réaliser le développement de 1) un outil de passerelle central et transversal pour l'intégration fonctionnelle des outils de gestion de données existants et 2 ) une méthodologie de suivi des projets et de leurs données.
L'outil de passerelle, sous la forme d'une application Web, facilitera l'identification transversale des projets et de leurs données associées, depuis le plan de gestion des données créé sur OPIDoR jusqu'à la publication, en passant par le cahier de laboratoire électronique LabGuru et des outils de traitement de données tels qu'OMERO. . L'objectif est de simplifier le transfert des données de la production à l'archivage, tout en enrichissant automatiquement les métadonnées. Cet outil automatisera la publication des données archivées dans les catalogues officiels et les référencera dans des index tels que DataCite (datacite.org) afin de partager les résultats de la recherche. Garder une trace des métadonnées pour chaque ensemble de données est un aspect essentiel pour se conformer aux principes de FAIR.
Parallèlement, le développement d'une méthodologie de suivi des projets visera à aider les équipes de recherche à comprendre les avantages d'un plan de gestion des données dès le début d'un projet, à sensibiliser aux coûts de gestion du stockage des données et à les former aux principes FAIR. .
Cette expérimentation sera réalisée sur des données d’image de microscopie optique avant de l’étendre à tous les types de données de biologie (omiques, phénotypage, etc.) pour la prochaine étape du projet.
Tous les connecteurs et les passerelles, ainsi que les tableaux de bord, seront conçus pour pouvoir être utilisés dans tous les laboratoires de recherche et publiés au format standard sous une licence OpenSource.

Coordination du projet

Julien Seiler (Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (UM 41 - UMR 7104 - UMR_S 1258))

L'auteur de ce résumé est le coordinateur du projet, qui est responsable du contenu de ce résumé. L'ANR décline par conséquent toute responsabilité quant à son contenu.

Partenaire

IGBMC Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (UM 41 - UMR 7104 - UMR_S 1258)

Aide de l'ANR 93 420 euros
Début et durée du projet scientifique : janvier 2020 - 24 Mois

Liens utiles

Explorez notre base de projets financés

 

 

L’ANR met à disposition ses jeux de données sur les projets, cliquez ici pour en savoir plus.

Inscrivez-vous à notre newsletter
pour recevoir nos actualités
S'inscrire à notre newsletter