Intelligence Artificielle pour atteindre la face cachée des chromosomes – Apollo

La structure 3D des chromosomes est finement organisée pour assurer les fonctions biologiques majeures comme la réplication, la
régulation transcriptionnelle. Pour l’étudier en détail, se développent en parallèle de la microscopie, des techniques dites de
contacts (3C, Hi-C) qui piègent des fragments de chromosomes en contact physique et permettent de déduire la structure 3D
moyenne d’un chromosome.
Ces techniques génèrent des millions de paires de séquences de petite taille (~ 50 nucléotides) dont une certaine proportion ne
peut être localisée directement du fait de leur répétition dans la séquence du génome de référence (plusieurs alignements sont
possibles).
Nous proposons le projet appelé Apollo qui vise à l’aide de méthodes de simulation numérique, de machine learning et de statistique
de prédire les positions de ces séquences répétées actuellement manquantes dans les cartes de contact et de révéler ainsi la face
cachée des chromosomes.