Emergence de virus Influenza aviaires hautement pathogènes dans le contexte de la triade hôte-microbiote-virus – RuleOfThree

Les virus Influenza aviaires hautement pathogènes (VIAHP) sont responsables d’épizooties dévastatrices chez les volailles qui s’accompagnent de pertes économiques majeures à cause du fort taux de mortalité associé et des blocages des échanges commerciaux qui sont imposés. Les VIAHP constituent aussi un risque important pour la santé humaine car certains VIAHP sont capables d’infecter l’homme et de provoquer des infections fréquemment mortelles. De plus, ces virus ont le potentiel d’évoluer vers des virus mieux adaptés à l’homme qui pourraient provoquer des pandémies exceptionnellement graves. La compréhension des facteurs modulant l’émergence de VIAHP est donc d’une importance primordiale pour la santé animale et pour la santé humaine, en accord total avec le concept de la médecine unique « One Health ».
L’acquisition d’un site de clivage multibasique dans l’hémagglutinine est la première étape de l’émergence de VIAHP. Alors que cette étape initiale est stochastique et ne dépend que des propriétés de réplication du virus, nous pensons que c’est la capacité du VIAHP nouvellement formé à surpasser le virus Influenza aviaire faiblement pathogène (VIAFP) parental qui est le déterminant clé de l’émergence des VIAHP. Le taux de succès des VIAHP nouvellement formés est inconnu à l’heure et il est vraisemblablement influencé par une multitude de facteurs dont l’hôte (espèce, statut sanitaire et primo-infections par des VIAFP), le VIAFP parental, les conditions d’élevage et d’autres facteurs environnementaux. Jusqu’à présent l’émergence de VIAHP n’a été observée que chez les Galliformes (dont les poulets et dindes), conduisant à l’ancrage de l’opinion dominante selon laquelle la circulation des VIAFP chez les Galliformes est un prérequis à l’émergence de VIAHP. Cependant, les analyses préliminaires réalisées au cours de l’épizootie française de VIAHP de 2015-2016 fournissent des éléments en faveur d’une possible émergence chez le canard des souches de VIAHP circulant actuellement. En étudiant la souche de VIAHP H5N9 prédominante circulant actuellement en France, nous allons tester l’hypothèse que les VIAHP peuvent émerger chez les canards. De plus, nous allons explorer les conséquences de perturbations de la flore bactérienne induites par des traitements antibiotiques sur l’émergence de VIAHP chez le poulet et le canard. L’identification de facteurs d’hôtes ou de facteurs anthropogéniques influençant l’émergence de VIAHP est très importante car elle permettrait de proposer d’éventuels ajustements des mesures de contrôle visant à prévenir la survenue de nouvelles épizooties.