DS03 - Stimuler le renouveau industriel 2014

Development of photo-reactive probes to capture G-quadruplex DNA in complex with endogenous proteins and exogenous synthetic ligands – CAP-G4

sondes phtoactivables pour piéger l'ADN G4 en complexe avec ses ligands exogenes et endogenes

Capture compounds for probing the g4 genome and the G4 proteome

objectives and challenges: sequencing the G4 genome and identification of protein partners

L’objectif initial du projet concerne le développement de sondes photoreactives pour piéger des structures d’ADN G-quadruplexe ( G4) et identifier leurs partenaires protéiques. Les sondes de capture proposées (CC for capture compounds) sont de deux types i) des composés chimiques de faible masse ayant une affinité élevée pour les structures quadruplexes (nommés ligands de G4 abrégé Lig CC) ii) des séquences oligonucléotides formant une structure quadruplexe (dites G4-DNAs abrégé G4-CC). Les deux types de sondes seront fonctionalisées par des groupes chimiques photoactivables qui vont réagir de façon covalente avec leur partenaire effectuant ainsi une capture chimique. Il s’agira in fine de piéger des séquences formant des quadruplexes et de les cartographier au niveau d’un génome modèle (levure) ou humain (utilisation des Lig CC) et d’identifier des protéines partenaires interagissant spécifiquement avec les quadruplexes (utilisation des G4-CC ).

synthesis of capture compounds for pull down expêriments

synthese chimique, focntinnalisation oligonucléotides
pull down sur billes magnétiques
genétque de la levure

Résultats

-Obtention d’outils trifonctionnels et étude SAR (publication en cours de rédaction).
-Mise en évidence de la très grande spécificité des motifs PhenDC3 et PDC immobilisés sur des billes et de la sélectivité vis-à-vis de certaines séquences G4 (publication en cours de rédaction).
- Tentative préliminaire d’établissement d’une corrélation entre instabilité génétique /stabilité du complexe G4 +ligand qui permettrait d’établir un seuil prédictif.( étude en cours).

Perspectives

Validatiion des outils dans des extraits cellulaires et expériences de mapping des sequences G4 à l'échelle de génomes modèles ( yeast) et humains

Productions scientifiques et brevets

. Morel, F. Poyer, L. Vaslin, S. Bombard, M.-P. Teulade-Fichou Photoactivatable platinum(II) terpyridine derivatives for trapping G-quadruplex DNA via double anchoring, Inorg Chimica Acta , special issue on Nucleic Acids 2016, invited paper. In press.
2. J-F. Betzer, F. Nuter, M. Chtchigrovsky, F. Hamon, G. Kellermann, S. Ali, M.-A. Calméjane, S. Roque, J. Poupon, T. Cresteil, M.-P. Teulade-Fichou, A. Marinetti, S. Bombard. Linking of antitumour trans NHC-Pt(II) complexes to G-quadruplex DNA ligand for telomeric targeting. Bioconjugate Chem. 2016 in press.

3. A. Rajendran, M. Endo, K. Hidaka, M.-P. Teulade-Fichou, J-L. Mergny, H. Sugiyama, Small molecule binding to a G-hairpin and a G-triplex: a new insight into anticancer drug design targeting G-rich regions , Chem. Comm. 2015, 51, 9181-9184

Marie-Paule Teulade-Fichou (INSTITUT CURIE - SECTION DE RECHERCHE)

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Institut für Organische Chemie der RWTH Aachen
IC INSTITUT CURIE - SECTION DE RECHERCHE
IC INSTITUT CURIE - SECTION DE RECHERCHE

Aide de l'ANR 337 980 euros
Début et durée du projet scientifique : novembre 2014 - 36 Mois

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