Adaptation génomique chez les champignons du fromage (Penicillium) – FROMA-GEN

Le fromage est environnement riche en élément nutritif et d’une biochimie complexe, où les bactéries et les champignons sont en compétition intense d’accès aux nutriments. En domestiquant ce microcosme, l'homme a pu générer la grande variété de saveurs fromagères que la plupart d'entre nous aiment déguster au déjeuner ou au dîner. Comme il est observé pour les macro-organismes comme les plantes ou le bétail, la domestication des micro-organismes est accompagnée d'importants changements dans la physiologie de ces derniers. En effet, la découverte du processus de fabrication du fromage, il y a environ 2000 ans, a été composée d’étapes successives de sélection des meilleures souches de champignons et de bactéries, sélection qui a grandement remodelé le génome de ces micro-organismes. Dans ce projet, nous proposons d'éclaircir les changements génomiques qui ont eu lieu au cours de la domestication du champignon associé au fromage Penicillium. Tout d'abord, la comparaison entre les génomes de plusieurs espèces de Penicillium, adaptées à l’environnement fromager ou bien provenant d’habitats naturels, permettra de révéler l'organisation spécifique des génomes des espèces adaptées aux fromages. Deuxièmement, nous projetons d’étudier la diversité du génome du champignon associé au fromage à pâte persillée, Penicillium roqueforti. Les génomes des populations adaptées au fromage seront comparés au génome des populations venant d’habitats naturels. Le projet vise à utiliser les techniques de biologie moléculaires et de bioinformatique les plus récentes pour capturer les traces laissées par la divergence adaptative chez les champignons, organismes généralement peu étudiés dans ce contexte. En outre, un tel projet a le potentiel d’aider au développement des biotechnologies dans la production fromagère, l'un des secteurs les plus importants et les plus renommées de l'agriculture française.