Amélioration du diagnostic viral pour sécuriser les ressources génétiques végétales – SafePGR

Les Centres de Ressources Biologiques (CRB) de plantes cultivées ont pour mission de mettre à disposition du matériel végétal à la collectivité internationale, à des fins de recherche et de développement. Cet accès aux ressources génétiques permet de répondre aux enjeux actuels d'adaptation des plantes à des contraintes nouvelles, et de diversification du marché. A ce titre, les CRB sont la base des programmes d'amélioration génétique et de création variétale, et doivent pouvoir garantir l'état sanitaire du matériel fourni afin d’éviter la propagation ou l’émergence de maladies.
Dans les régions tropicales et sub-tropicales de l'outre-mer européen, les principales espèces cultivées conservées dans des CRB de Guadeloupe, de Madère et de la Réunion, sont les bananiers, cannes à sucre, ignames, patates douces, vanille et ail. Toutes ces espèces, destinées à la fois au marché local et à l'exportation, se reproduisent et sont diffusées par voie végétative, et ne peuvent être assainies par le passage par des graines. C'est particulièrement problématique pour les virus, dont de nombreuses espèces affectent les espèces considérées, et dont la prévalence au sein des collections est parfois très élevée. Des méthodes d'assainissement existent pour éliminer les virus des plantes, et ont des efficacités variables selon les espèces végétales et virales ciblées. Ces méthodes nécessitent l’accès à des outils de diagnostic fiables, polyvalents et couvrant l’ensemble du spectre des espèces virales infectant une plante donnée afin de contrôler l’état sanitaire du matériel végétal avant et après assainissement. Aujourd’hui, des outils de diagnostic viral existent sur un nombre limité de virus seulement.
En parallèle, seule une très faible partie de la diversité virale est connue chez les plantes, en particulier dans le cas des cultures tropicales et sub-tropicales. Les organisations internationales telles que la FAO recommandent néanmoins de ne diffuser que des ressources génétiques indemnes de virus, ce qui limite considérablement les possibilités de distribution de ces ressources en dehors de la région où elles sont conservées.
Des efforts importants sont donc nécessaires pour renforcer nos connaissances sur la biodiversité virale au sein des plantes tropicales cultivées. Ces connaissances sont indispensables pour améliorer notre capacité de diagnostic, et ainsi intensifier et sécuriser les échanges de matériel végétal au sein de la communauté internationale.
L'objectif général du projet est de renforcer les connaissances sur la biodiversité des virus susceptibles d'être hébergés dans les collections de ressources génétiques des CRB pris en charge par les partenaires du projet. Puis, à partir de ces connaissances, de mettre au point des méthodes de diagnostic classiques ou de nouvelle génération pour garantir une circulation sécurisée de matériel végétal à la fois entre les partenaires du projet, et plus largement dans toute la communauté.
Nous proposons d'atteindre cet objectif i) en réalisant une large étude de diversité génétique sur les principales familles virales présentes dans les 6 espèces végétales mentionnées, ii) en optimisant les méthodes et outils de diagnostic viral classique chez ces espèces, afin de tenir compte de la diversité mise en évidence et iii) en réalisant un développement et une validation de méthodes de diagnostic basées sur la métagénomique et les nouvelles technologies de séquençage à haut débit.
Les parties prenantes telles que les agences régionales de protection des végétaux, les laboratoires de diagnostic et les CRB pourront être impliqués dans la mise en œuvre de futurs tests de diagnostic de routine. Les décideurs tels que conseils régionaux, ou agences européennes, nationales ou régionales de protection des végétaux seront également associés à la diffusion des résultats, qui auront des implications importantes en matière de conservation et distribution de matériel végétal, et de listes de maladies de quarantaine.