Analyse de l’impact de la culture de plantes génétiquement modifiées sur la microflore associée par une approche métagénomique à haut débit – IMA-GMO

Le présent projet de recherche fondamentale vise à mieux apprécier les conséquences pour l’environnement microbien, bactérien et viral, de la culture d’OGM végétaux, l’ADN transgénique étant considéré comme « contaminant » potentiel des écosystèmes. Un intérêt majeur du projet est de proposer des études d’impact portant sur des transgènes modèles (ex résistance à l'antibiotique kanamycine ; gène nptII), des transgènes d’intérêt agronomique (ex « Bt », résistance au virus du court-noué, ou résistance à des pathogènes bactériens de macération), à la fois sur des cultures annuelles (maïs) et pérennes (vigne) en situation agronomique réelle (essai hors-confinement du partenaire 1). IMAGENE vise à mettre à profit les avancées récentes en matière de séquençage à très haut débit pour analyser l’impact potentiel de plantes OGM sur l’environnement microbien associé (y compris les virus) via un effet direct de perturbation de l’exsudation, ou via de possibles évènements de transferts de gènes et recombinaison des transgènes dans ces populations microbiennes. Il implique des analyses de structure de populations microbiennes associées aux plantes OGM sans à priori de cultivabilité (approche métagénomique). Ce projet s’articule aussi avec un projet d’analyse métagénomique des populations microbiennes hébergées dans le sol de référence de la station de «Park-Grass/Rothamsted» (UK; projet METASOIL) coordonné par le partenaire 4.

Deux des équipes contractantes agrègent des spécialistes reconnus au niveaux national et international de l’étude des impacts de la culture de variétés OGM sur la microflore associée, ayant publié depuis des années des articles de référence sur la question. Ce projet fait d’ailleurs suite à des travaux des deux partenaires dans un projet européen du 5ème programme cadre (projet Transbac) et de trois projets soutenus par l’ANR (projets Ploben, Septante et ANR-POGM-008). Le partenaire 1 est sans aucun doute l’un des laboratoires leaders mondiaux dans le domaine de la transgenèse végétale de la vigne, cadre dans lequel s’inscrit aussi ce projet, et plus généralement en virologie végétale moléculaire et en métagénomique virale. Le partenaire 3 est quant à lui un laboratoire réputé dans en matière d’étude de la microflore rhizosphérique en particulier chez Arabidopsis. Il bénéficie également du soutien de bio-informaticiens dont la présence sera importante pour ce programme. Le partenaire 4, de part ses compétences en bio-informartique et de la mise à sa disposition de ressources informatiques de l'Ecole Centrale de Lyon (Super-calculateur), centralisera l'ensemble des analyses bio-informatiques du Consortium. Le projet IMAGENE et ses partenaires se situent parfaitement dans le cadre des 2 axes thématiques 1 & 2 de CESA, par l’étude des transferts de gènes et des recombinaisons potentiels en provenance de plantes OGM et des modifications induites sur les populations de micro-organismes associés, incluant les virus, par ces mêmes transgènes. Enfin, IMAGENE permettra d’acquérir des connaissances scientifiques solides et une expertise indépendante sur les impacts et les analyses de risque liés aux OGM végétaux, demandées par les instances décisionnelles nationales et internationales, les filières professionnelles, les associations et la société civile. Ainsi le projet IMAGENE a t-il été initié et discuté au sein du Comité Local de Suivi de l’essai de vignes OGM hors confinement de l’INRA de Colmar, à l’origine de la co-construction participative de cette expérimentation.