Dynamique du virus de l’hépatite E dans les écosystèmes associés : des élevages de porcs et eaux usées aux coquillages – HEVECODYN

Le virus de l’hépatite E (VHE) est responsable d’une hépatite aiguë, similaire à l’hépatite A mais en moyenne plus grave associant anorexie, ictère et hépatomégalie. Bien que l’infection par le VHE soit associée à un taux de mortalité peu élevé, certains cas d’hépatite fulminante nécessitent une transplantation hépatique qui est une procédure très lourde et coûteuse. La surveillance de l’hépatite E chez l’Homme est organisée par le Centre National de Référence des hépatites entéro-transmissibles (A et E) mis en place en 2002 et situé à Paris (Hôpital du Val de Grace). L’infection par le VHE a été responsable de près de 150 cas cliniques autochtones en France en 2008 et a significativement augmenté depuis 2002. La perception de l’épidémiologie de l’hépatite E a radicalement changé au cours du temps. D’une vision initiale restreinte à une infection contractée au cours de séjours en zone d’endémie, des données se sont accumulées sur la possible transmission zoonotique du virus à partir de multiples réservoirs animaux (porc domestique, sangliers, cerf), via la consommation de produits contaminés crus ou peu cuits (abats, viande). Ces sources potentielles ne permettent cependant pas d’expliquer la totalité des cas autochtones et plusieurs anadémies suggèrent que les coquillages pourraient constituer une source potentielle en raison de leur aptitude à filtrer puis concentrer les particules virales provenant des eaux usées d’origine humaine et animale.
L’enjeu principal de ce projet est de proposer une vision transversale de l’épidémiologie du VHE associant les élevages de porcs, les animaux sauvages et les eaux environnementales à la contamination des coquillages. Pour étudier les relations entretenues entre les différents écosystèmes partagés par le VHE, le projet aura pour but initial de déterminer la présence du VHE dans les différents écosystèmes concernés : (i) élevages de porcs domestiques, (ii) sangliers, (ii) eaux usées, (iv) eaux littorales et coquillages. Les souches de VHE isolées de ces différents écosystèmes seront comparées à l’aide d’analyses phylogénétiques. Le deuxième objectif est d’étudier la dynamique d’infection par le VHE au sein du système élevage porcin et d’en évaluer les conséquences sur l’exportation du VHE à partir des différents extrants. Le troisième objectif du projet est d’évaluer l’adaptation du VHE aux différents hôtes correspondant à chacun des écosystèmes étudiés (tissus porcins, issus de sangliers, rongeurs, Homme, et de coquillages) puis de mettre en relation cette adaptation avec les dynamiques observées dans chacun des écosystèmes.
Ce projet associera différentes approches complémentaires pour atteindre chacun des objectifs. Des études observationnelles seront conduites dans les différents écosystèmes pour la mise en évidence du VHE dans ces différents milieux. Ces études en conditions réelles seront complétées par des approches plus expérimentales pour étudier la survie du VHE dans différentes matrices (lisier de porc, produits de traitement des lisiers, eau de mer) ainsi que l’impact des procédés de traitement des lisiers sur la survie virus. Des études expérimentales en conditions contrôlées seront aussi conduites chez le porc pour estimer de manière quantitative les paramètres clefs d’un modèle épidémiologique représentant la dynamique d’infection intra-troupeau du VHE. Des connaissances plus fondamentales seront aussi produites quant à l’aptitude des coquillages à concentrer de manière sélective le VHE au travers d’une reconnaissance croisée des glycans. Le projet associera donc les compétences de différents spécialistes en épidémiologie, écologie, virologie, biochimie et modélisation mathématique afin de produire les connaissances complémentaires nécessaires à la compréhension des interactions mises en jeu entre les différents écosystèmes et de l’impact de leur dynamique respective sur la diffusion du VHE dans ces différents environnements.