– PyloRna

Helicobacter pylori est une bactérie qui colonise exclusivement l?estomac humain, un environnement acide hostile. L'infection par Hp est associée au développement de diverses pathologies dont le cancer gastrique. Hp possède un petit génome (1.6 Mb) présentant une faible redondance fonctionnelle et un nombre limité de facteurs de transcription. Pourtant, Hp présente une réponse régulatrice complexe et mal comprise aux stress rencontrés dans sa niche. L?objectif de notre projet est d?utiliser Hp comme une bactérie modèle pour identifier des nouveaux partenaires et des stratégies originales impliqués dans le contrôle de la stabilité des ARN chez ce microorganisme. Ce nouveau champ d?investigation, encore inexploré chez Hp, repose sur des données récentes des deux équipes : la caractérisation du RNome de Hp (séquençage de l'ensemble des transcrits) et la mise au point de nouveaux outils (Technique TAP pour l?identification de complexes protéiques chez Hp). Ce projet propose d?utiliser des outils de génomique fonctionnelle récents et innovants (séquençage à haut-débit, tilling arrays, TAP), des approches de caractérisation fonctionnelle in vitro et in vivo pour définir la fonction de la protéine HP1430 de Hp, une protéine homologue à la RNase J de B. subtilis. Notre but est (i) de chercher à identifier des ARN messagers et petits ARN cibles de cette ribonucléase, (ii) de valider et de caractériser son association avec une DEAD-box ARN hélicase (données du partenaire 1) pour la formation potentielle d?un nouveau type de complexe de dégradation des ARN de type dégradosome et, (iii) de définir son rôle dans la réponse adaptative et dans l?expression des facteurs de virulence de Hp.