Etude méta-transcriptomique et biochimique de l?écosystème fromager : pour un contrôle accru de l?EXpression d?un ECOsystème alimentaire complexe. – EXECO

Les écosystèmes microbiens ont une importance majeure dans les aliments fermentés, qui représentent une forte proportion de notre alimentation. Il faut également souligner que les aliments fermentés traditionnels ont vu leur importance croître ces dernières années grâce à leur typicité et leur qualité organoleptique indéniable. Ils représentent donc une part très importante de notre ration alimentaire journalière et constituent des produits porteurs d?innovations dans l?industrie alimentaire. Les aliments fermentés sont le résultat de processus dynamiques et complexes de transformation, où les micro-organismes sont soumis à un environnement physico-chimique spécifique et à de multiples stress et interactions. C?est pourquoi de tels écosystèmes doivent être étudiés dans la matrice alimentaire réelle, afin d?analyser leur comportement dynamique in situ. Notre projet vise donc à i) contribuer à une meilleure compréhension du fonctionnement de l?écosystème fromager grâce à l?analyse de son méta-transcriptome en matrice réelle couplée à sa caractérisation microbiologique/biochimique, ii) développer une « boîte à outils » de gènes dont l?expression serait utilisée comme indicateurs de bons fonctionnement et maîtrise de l?écosystème fromager dans des fromagers traditionnels. Ce projet sera donc focalisé sur l?étude d?un écosystème fromager complexe et bien identifié, constitué de micro-organismes cultivables et séquencés. Ainsi, des technologies permettant de générer un saut méthodologique utilisant des outils de séquençage haut débit, de bioinformatique et d?analyse de données méta-transcriptomiques seront développées. De plus, des analyses plus classiques de l?écosystème complexe fromager, basées sur des fonctionnalités clés, seront réalisées en parallèle. Elles permettront d?avoir des données complémentaires pour obtenir une « image » plus complète et précise de l?expression fonctionnelle de tous les membres de l?écosystème. Enfin, les données du méta-transcriptome pourront être corrélées ? via le développement d?outils mathématiques spécifiques durant le projet ? aux données classiques utilisées par les fabricants de fromage comme indicateurs des phases d?affinage. Notre projet a donc trois principaux objectifs : (i) fournir des méthodes fiables permettant d?obtenir une vue générale de l?expression d?un écosystème complexe, (ii) obtenir une vision complète et dynamique de cet écosystème en termes de profil d?expression, de développement microbien et d?implication dans la transformation de la matrice fromagère, (iii) valider une « boîte à outils » de bio marqueurs moléculaires représentatifs du développement et du fonctionnement de l?écosystème complexe qui serait appliquée industriellement à la sélection de consortia microbiens d?affinage et au contrôle de ces consortia dans le processus d?affinage de certains fromages traditionnels.