Méthodes et outils bioinformatiques pour la méta-analyse de QTL et l'intégration des méta-QTL, des cartes physiques et des séquences de génome. – MetaQTL

Au cours des dernières années, de nombreux programmes ont produits énormément de données à l’échelle des génomes en génétique ou en génomique. Pour tirer pleinement partie de ces données, il est nécessaire de les intégrer à plusieurs niveaux de résolution. La cartographie de QTL est généralement réalisée à partir de plusieurs types de population. Des méthodes d’intégration de QTL ont été développées pour capitaliser sur l’ensemble des résultats obtenus et prédire plus précisément la position de QTL. D’autres méthodes ont également été mises au point pour construire des cartes génétiques consensus facilitant la recherche de co-localisatons entre gènes candidats et QTL. Ces méthodes on été implémentées dans le logiciel BioMercator lors de précédents projets soutenus par Génoplante ou le Generation Challenge Programme. De nouveau développements méthodologiques améliorant les approches de méta-analyse de QTL sont disponibles et pourraient être implémentées dans ce logiciel. Il est également urgent de franchir une nouvelle étape dans l’intégration des données de génétique et de génomique en développant une nouvelle version de BioMercator capable de projeter des méta-QTL sur une carte physique ou sur la séquence d’un génome. Cela permettra d’intégrer la cartographie de QTL avec les annotations du génome habituellement disponibles dans les navigateurs génomiques (modèles de gènes, polymorphism, etc...). Pour faciliter l’exploitation des nouvelles données intégratives produite à l’aide de BioMercator, la base de données GnpIS (précédemment connue sous le non de Génoplante-Info) devra également être modifiée pour 1) être capable de stocker les nouveaux types de données issus de BioMercator dans GnpMap et GnpGenome et 2) permettre leur interrogation et visualisation. Les nouveaux développements bioinformatiques proposés seront utiles à une large communauté scientifique, tout en satisfaisant les particularités de différentes espèces végétales. Pour garantir la pertinence de ces nouveaux outils, ce projet propose de rassembler un large panel de généticiens et génomiciens s’intéressant à différentes espèces (maïs, blé, pêcher, abricotier, chêne, peuplier). Ces chercheurs contribueront à la définition du cahier des charges, aux developpements méthodologiques nécéssaires et à la validation des nouvelles versions de BioMercator et GnpIS. Les nouveaux outils créés par ce projet seront directement exploités dans plusieurs projets européens ou nationaux parmi lesquels GrasBioFuel, HyperMaize, SharCo et seront également utiles dans les programmes de Biogemma et Syngenta. Ce projet correspond également aux besoins exprimés dans l’axe B.3 de l’appel d’offre car les logiciels produits aideront la communauté scientifique à gérer, intégrer et exploiter les nombreuses données de génétique et de génomique disponibles et à venir. Ce projet a été labélisé par le pôle de compétitivité « Céréales Vallée »