Analyse des partenaires protéiques de Card15/Nod2 dans les maladies inflammatoires de l'intestin – Nod2 partners in IBD

Les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) dont la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique sont des maladies affectant plus de 2 millions de personnes dans le monde. Ce sont des maladies génétiques complexes et nous avons pu identifié le premier gène de susceptibilité à la MC : CARD15/NOD2. L'objectif du projet est maintenant d'analyser un groupe de 14 gènes codants pour des protéines interagissant avec Nod2 et identifiées par un criblage double hybride en levure. L'analyse comportera en parallèle un volet génétique et un volet fonctionnel. Sur le plan génétique, une association sera recherchée entre les polymorphismes des gènes candidats (GC) et les MICI. En cas d'association, nous ferons la description du spectre mutational du gène, des interactions génétiques avec Nod2 et des corrélations génotypes/phénotypes. Les liens fonctionnels entre les protéines seront par ailleurs précisés et l'effet des mutations des GC et de Nod2 sur l'interaction sera étudié.//L'approche double hybride a permis de mettre en évidence 14 GC codant pour des protéines interagissant physiquement avec Nod2. Pour plusieurs de ces GC, l'interaction a été confirmée par co-immunoprécipitation. Les séquences codantes et les jonctions intron-exon des gènes ont été séquencés sur 30 individus sains et des polymorphismes bialléliques (SNPs) ont été choisis pour leur informativité à partir de ces données de séquences complétées par celles issues des bases de données. 54 de ces SNPs ont été génotypés sur 300 familles MICI. Pour GC10, une association a été identifiée avec la MC par un test de déséquilibre de transmission (P<0.005). Cette association a été confirmée sur un échantillon indépendant de familles (P<0.01). L'association est plus forte chez les sujets non mutés sur NOD2 (P<0.03). Par ailleurs, GC10 a un role dans l'inflammation et est localisé dans une région porteuse d'un locus IBD.
Notre objectif est de poursuivre le travail sur GC10 en précisant quelle mutation supposée fonctionnelle est impliquée dans la MC. Pour cela, nous séquencerons 50 patients porteurs de l'haplotype à risque pour les séquences codantes et régulatrices du gène. Les SNPs candidats seront ensuite génotypés sur 800 familles à la recherche d'une association. En cas de résultat positif, le spectre mutationnel du gène sera précisé sur un plus grand nombre de patients atteints de MC, RCH ou sains. Par ailleurs, les liens entre le génotype de CG10 et le phénotype seront précisés ainsi que l'impact clinique de ces mutations. L'interaction entre CG10 et NOD2 sera évaluée par un test TDT deux locus et des expériences fonctionnelles. Ces expériences préciseront l'interaction physique entre protéines sauvages et mutées et les conséquences fonctionnelles d'un éventuel défaut d'interaction. La fonction du gène sera analysée par des RNAi et des tests de transfection sur lignées cellulaires du gène normal ou muté. L'expression du gène sera précisée sur des tissus sains et lésés.//Il est espéré que l'ensemble des ces expériences :
1) identifient un groupe de gènes impliqués dans la voie de signalisation de Card15/Nod2 et donc ayant un rôle dans l'immunité innée. La découverte de ces gènes permettra de mieux comprendre le réseau de protéines impliquées dans la réponse de l'hôte aux agents bactériens.
2) identifient un gène de susceptibilité à la MC. Les bases d'un diagnostique génétique seront posées et le rôle de ce gène dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique du malade sera précisé. Il sera alors possible de développer un éventuel test génétique utile au clinicien.
3) apportent une meilleure connaissance des anomalies participant au développement des lésions de la MC. La découverte de nouvelles mutations sur la voie de signalisation de Card15/Nod2 permettra en effet de mieux comprendre les mécanismes de la maladie.