Epidémiologie évolutive et coévolutive – EPICE

Ce projet présente une partie théorique et une partie expérimentale. L'objectif de la première partie est d'étendre le cadre théorique de l'épidémiologie évolutive en utilisant les outils de la génétique des populations. On étudiera en particulier trois grands aspects de l'évolution des interactions hôte-parasite: (1) l'évolution des traits phénotypiques (virulence des parasites, résistance aux antibiotiques et aux vaccins), (2) l'évolution de l'adaptation (dynamique de la fitness moyenne dans le temps et l'espace), et (3) l'évolution des traits affectant le potentiel évolutif (mutation, recombinaison, migration) et, par conséquent, la dynamique de l'adaptation. L'objectif de la deuxième partie est de développer un système expérimental autour des interactions bactérie-phage nous permettant de tester certaines prédictions issues des modèles théoriques de la première partie du projet. Nous réaliserons des expériences d'évolution et de coévolution pour étudier (1) l'évolution des traits d'histoire de vie des phages, et (2) les effets de la dérive génétique et de la migration sur la dynamique de l'adaptation. Mener en parallèle théorie et expérimentation permettra de faire émerger une synergie entre les deux parties du projet. ...