– NeMo

L'enveloppe nucléaire est le siège d'interactions complexes avec la chromatine. Les laminopathies sont des pathologies rares provenant de défauts dans l'organisation de l'enveloppe nucléaire et associées à des perturbations de la régulation génétique. Au cours du développement embryonaire, la régulation transciptionnelle implique aussi potentiellement des interactions entre la chromatine et l'enveloppe nucléaire. Nous avons identifié chez la drosophile une nouvelle protéine, Char, localisée à la membrane interne de l'enveloppe nucléaire et farnésylée en partie C-terminale comme LaminA. Char contrôle la morphogenèse de l'enveloppe nucléaire et l'ancrage cortical des noyaux. Dans des mutants, l'organisation spatiale de la chromatine est perturbée et l'activation transcriptionnelle du zygote est affectée. L'embryon précoce de drosophile est donc un système particulièrement intéressant pour comprendre comment l'organisation polarisée de l'enveloppe nucléaire contrôle la dynamique de la chromatine en lien avec l'activation transcriptionnelle. Le but de ce projet est d'identifier de nouveaux gènes nécessaires à ce processus, de comprendre les mécanismes associés en s'appuyant sur les atouts de l'embryon de drosophile comme système modèle à travers la combinaison d'approches génétique, biochimique, de microscopie en temps réel et de bio-informatique. - Tout d'abord, nous rechercherons de nouveaux gènes nécessaires à la morphogenèse de l'enveloppe nucléaire et à l'ancrage apical dans le but de relier les déterminants cytoplasmiques (microtubules, centrosomes) aux composants nucléoplasmiques (Char, Lamin). Nous réaliserons pour cela un crible génétique et identifierons des partenaires moléculaires de Char. De plus, nous étudierons les liens entre la morphogenèse de l'enveloppe nucléaire et la transcription. Nous étudierons pour cela dynamique et l'organisation de la chromatine ainsi que la transcription de gènes zygotiques induits et de gènes réprimés dans l'embryon sauvage et le mutant char. Nous testerons aussi le rôle des microtubules et des centrosomes dans ce processus. Enfin, en collaboration avec l'équipe de Denis Thieffry, nous rechercherons des éléments cis-régulateurs communs à différentes sous-classes de gènes zygotiques induits, et en particuliers des séquences communes aux gènes régulés par char. Cette étude reposera sur l'analyse statistique de données d'expression transcriptome et sur des analyses computationelles de comparaisons de séquences génomiques. Des motifs candidats identifiés in silico seront alors testés in vivo par la construction de systèmes reporteurs sous le contrôle des éléments régulateurs identifiés. Cette analyse intégrée devrait nous permettre d'une part d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans le contrôle transcriptionnel médié par la morphogenèse de l'enveloppe nucléaire. Par ailleurs elle permettrait d'assembler ces gènes dans un pathway incluant en amont des déterminants cytoplasmiques de polarisation, les composants de l'enveloppe nucléaire avec lesquels ils interagissent et en aval les séquences régulatrices reconnues et régulées. - - ...