La diffusion de la peste à Madagascar; importance des déplacements des hommes et des rats de l'échelle de l'habitat à celle du paysage; détermination des facteurs de risque – DIFFUSION-PESTE

Apparue à Madagascar en 1898 lors de la 3ème pandémie, la peste persiste et s'étend depuis sur les Hautes Terres, au centre de l’île. Madagascar est aujourd’hui le pays qui déclare le plus grand nombre de cas humains à l’OMS. La peste est d'abord une maladie de rongeurs, transmise à l'homme via un vecteur, en l'occurrence des puces hématophages. Les grandes lignes de l'épidémiologie de la peste sont bien connues, mais la répartition actuelle de la maladie témoigne d'une variabilité spatio-temporelle importante encore mal comprise. Dans le cadre du projet proposé, notre problématique est d'évaluer l’importance de l'hétérogénéité paysagère sur les variations d'abondance des réservoirs (les rongeurs) et des vecteurs (les puces) et sur la diffusion de la peste, dans les populations de rongeurs et dans les populations humaines. L'originalité du projet repose sur une forte interaction entre des biologistes des populations spécialisés sur les rongeurs, des géographes, des généticiens de populations, et des spécialistes de la peste (microbiologistes, épidémiologistes). Il est construit principalement à partir d’une collaboration forte et ancienne entre l'Institut Pasteur de Madagascar et l’IRD (programme Santé et Environnement à Madagascar). A l'échelle régionale, des premiers travaux dans le Moyen Ouest malgache montrent une relative homogénéité des séroprévalences dans les populations humaines d'une zone de plateau au relief peu accidenté, suggérant une diffusion en nappes de la peste dans les populations humaines Dans une zone voisine au relief accidenté, les séroprévalences relatives à la peste sont très hétérogènes dans les différents villages, ce qui témoigne d'épidémies humaines très ponctuelles. La topographie a un impact sur la mobilité des populations humaines. Mais la peste étant avant tout une maladie de rongeurs, nous faisons l'hypothèse que les différences observées dans les populations humaines sont dues à une circulation différente de la maladie dans les populations de réservoirs, plus fortement structurées (avec moins de flux d'individus) dans les zones de relief que dans les zones plates. A l'échelle des villages, des études préliminaires font apparaître que les cas humains sont plus fréquents dans les maisons situées à la périphérie du village, au contact ou à proximité immédiate des haies de sisal. Cet habitat s’est révélé primordial pour la persistance de la peste : plus fortes abondances de rongeurs, de puces et séroprévalences rongeurs les plus élevées. La même espèce de rat (Rattus rattus) occupe tous les habitats, mais les puces trouvées sur les rats des maisons et ceux d’extérieur appartiennent à des espèces différentes, ce qui suggère une structuration de ces rats en sous-populations. Dans le but de mieux comprendre l'hétérogénéité de la répartition des cas humains de peste à l'échelle locale et régionale, nous avons plusieurs objectifs: - valider les observations sur les séroprévalences dans les populations humaines en étendant l'étude géographique déjà réalisée sur deux zones à deux autres régions (une pénéplaine / une zone de relief). - évaluer si la topographie a un impact sur la structuration des populations de rongeurs et les mouvements des individus entre les populations. - estimer le niveau de structuration des populations de rats, et les échanges entre populations de différents habitats. Répondre à ces objectifs nécessite une utilisation combinée des concepts et des outils de l'écologie du paysage (analyse de l'hétérogénéité spatiale via un SIG), et de la biologie des populations. Le niveau de structuration des populations de rongeurs sera estimé par deux méthodes indépendantes: suivi des déplacements individuels par appâts marqués (biomarqueurs) et structuration génétique des populations (marqueurs microsatellites). Ces recherches doivent nous permettre d’identifier des facteurs et des indicateurs de risque et d’établir une cartographie des habitats et des zones à risque, afin de proposer aux