Ecologie de la résistance aux anbiotiques de Escherichia coli et Staphylococcus aureus dans les flores commensales de l'homme et des animaux en milieu naturel. Transition vers la virulence et impact sur la santé humaine – ANR-05-SEST-0017

Problématique : La résistance des bactéries aux antibiotiques est un problème crucial de santé publique. Les flores commensales de l’homme sont le réservoir majeur de bactéries potentiellement pathogènes (BPP) et de gènes de résistance. L’intensité de la résistance y est conditionnée par la pression antibiotique dans la population, l’alimentation, l’environnement, l’hygiène. Les caractéristiques de résistance de ce réservoir sont supposées influencer celles (i) des infections humaines dues aux BPP, et (ii) des flores commensales des animaux environnant qui seraient contaminés selon un gradient de proximité. Objectifs : Décrire de façon concomitante les caractéristiques génomiques de résistance, phylogénétiques, et de virulence des E. coli et S. aureus colonisant des individus vivants au sein d’une zone géographique fermée, aux échanges limités avec l’extérieur et avec une source unique de pression de sélection antibiotique. Comparer ces caractéristiques à celles (i) des souches responsables d’infections et (ii) des souches colonisant les animaux domestiques et sauvages vivants au contact ou plus éloignés, et l’environnement aqueux. Inférer, au sein des deux espèces bactériennes, les relations écologiques et génomiques entre les souches commensales résistantes humaines, celles causant des infections et celles colonisant les animaux proches ou plus distants et l’environnement aqueux. Méthodes : Nous utiliserons l’opportunité exceptionnelle des spécificités de la population amérindienne Wayampis du village de 3Sauts sur l’Oyapok (Guyane), où la source de la pression de sélection antibiotique est unique en raison de l’isolement en milieu sylvestre tropical dense, de l’alimentation et du mode de vie traditionnels, de la présence d’un dispensaire gérant l’ensemble des prescriptions et contrôlant les évacuations sanitaires. Une surveillance continue d’une année des infections urinaires et intestinales à E. coli et cutanées à S. aureus sera réalisée avec conservation des cultures. Deux campagnes (saison sèche et grosse saison des pluies) de prélèvements (i) des flores commensales des villageois (nez, selles), (ii) des cochons, poules et chiens domestiques (fèces, narines) du village, (iii) des rongeurs, marsupiaux et chauves-souris sauvages (fèces, narines) environnants (méthode du transect) et (iv) des eaux du fleuve d’amont et d’aval du village, seront réalisées et les prélèvements congelés pour recherche de souches de E. coli et S. aureus. Les caractéristiques de ces souches seront déterminées et comparées dans les laboratoires des demandeurs. La colonisation intestinale à levures sera également recherchée comme témoin de perturbation écologique post-antibiotique. Résultats attendus : Confirmer ou infirmer les hypothèses actuelles sur les relations écologiques entre les souches de E. coli et S. aureus résistantes des flores commensales de l’homme, des animaux environnants et de l’environnement aqueux. Préciser les conditions écologiques et génomiques du passage à la virulence en comparant les souches commensales et celles qui causent chez l’homme, respectivement des infections urinaires ou intestinales et cutanées.