Génomique fonctionnelle et comparative des régions, non codants : évolution de la régulation génique chez les chordes – GenFuncCompRég

La découverte de vastes régions non codantes avec des fonctions régulatrices conservées parmi les vertébrés, mais pas chez les invertébrés comme l'ascidie, pose en nouveaux termes la question de l'évolution des voies de régulation géniques chez les chordés. Pour détecter de telles régions régulatrices, en particulier à proximité de génes impliqués dans la mise en place de l'axe antero-posterieur, nous analyserons le génome du céphalochordé amphioxus, (dont l'assemblage est en cours pour l'espèce B. floridae), qui au contraire des ascidies partage avec les vertébrés des mécanismes moléculaires lies a la mise en place de cet axe. Les régions homologues seront clonées et séquencées dans deux autres espèces d'amphioxus, (B. lanceolatum et B. belcheri). La comparaison des séquences non codantes entre ces espèces nous permettra de découvrir des régions conservées entre céphalochordés mais pas avec les chordés mais aussi nous aurons accès a des variabilités intra-céphalochordés ce qui nous permettra d'avoir une meilleure idée des contraintes fonctionnelles dans ces séquences. Les régions conserves seront caractérisées in vitro, en culture cellulaire et in vivo ultérieurement. Ainsi, la relative simplicité du modèle amphioxus, couplée à la conservation de processus fondamentaux avec les vertébrés, nous permettra de reconstituer les voies de signalisation impliquées dans la mise en place de l'axe antéro-postérieur.