Les protéines de l'hôte dans le cycle infectieux d'un virus de plante à ARN(+): relations entre structure et fonction – Poty4E

Les virus sont des parasites obligatoires qui dépendent de facteurs de leur hôte pour accomplir leur cycle. Malgré l'importance que cela revêt tant d'un point de vue cognitif qu'appliqué à la protection des cultures, ces facteurs restent très mal connus dans le cas de virus de plante. Nous proposons de traiter cette question dans le cas des potyvirus, le genre viral le plus important économiquement chez les plantes. En partant des résultats originaux de l'équipe coordinatrice dans ce domaine, qui démontrent le rôle du facteur d'initiation de la traduction eIF4E et des protéines virales VPg et CI dans le cycle des potyvirus, nous tenterons d'éclaircir le rôle des autres protéines cellulaires et virales dans le cycle du virus de la mosaïque de la laitue, puis nous caractériserons les paramètres biochimiques et structuraux de ces interactions. Par des expériences de co-purification et de « pull-down », nous identifierons les protéines présentes dans les complexes contenant des formes étiquetées de eIF4E, VPg ou CI. Les interactions entre protéines seront caractérisées plus avant par des tests in vitro (double-hybride, tests immunologiques, spectro-fluorescence, BiaCore), y compris sur des protéines mutantes issues de la diversité naturelle du virus et de la plante, ou obtenues par mutagenèse dirigée. Les effets des mutations naturelles sur la valeur adaptative des virus seront évalués pour tenter d'établir une passerelle « entre le tube et le champ » et fournir aux épidémiologistes des hypothèses sur l'origine des virus émergeants. Enfin, nous proposons de résoudre par diffraction des rayons X la structure 3D des protéines virales et de l'hôte, seules ou en interaction, afin de mieux décrire leurs surfaces de contact et d'enrichir les données d'interactions obtenues en biochimie. Les connaissances obtenues dans cette étude, outre leur intérêt cognitif propre, seront valorisées hors du contexte strict de cette étude dans le cadre d'une collaboration avec des équipes de généticiens et de génomiciens.