Quels sont les caractéristiques et les enjeux de la résistance aux antimicrobiens ?

Marie-Cécile Ploy : Les bactéries peuvent s'adapter et acquérir des mécanismes pour se défendre contre les antibiotiques. Elles développent ainsi une résistance aux médicaments destinés à les combattre et les infections sont plus difficiles à traiter. C’est ce que l’on appelle la résistance aux antimicrobiens (RAM). Si l’on prend les antimicrobiens au sens large, cela concerne également les champignons qui se défendent contre les antifongiques, les parasites contre les antiparasitaires et les virus contre les antiviraux.

Aujourd’hui, on estime à 1,3 million par an les décès dans le monde attribués directement à la RAM, avec des projections de l'ordre de 39 millions de décès d'ici 2050 si rien n’est fait. En ce qui concerne l’élevage, l’antibiorésistance génère une perte économique de 13 milliards de dollars chaque année et l’environnement est aussi affecté par les rejets de résidus d’antibiotiques et de biocides². Les bactéries circulent partout, dans tous les écosystèmes !

Pouvez-vous nous donner des exemples de domaines de recherche liés à la RAM ?

M.-C. P. : La recherche s’articule autour de trois axes principaux : prévenir, contenir et réduire l'antibiorésistance.

Les champs de recherche sont multiples et variés. Il s’agit à la fois de mieux comprendre les mécanismes d'émergence des résistances et de développer de nouvelles solutions diagnostiques, thérapeutiques et préventives. Il est également question de transmission, de prévention et contrôle des infections et de bon usage des antibiotiques. Tous les facteurs sociaux, économiques et culturels qui entourent l'usage des antibiotiques doivent aussi être pris en compte.

Comment les projets financés par l’ANR que vous avez coordonnés se sont-ils inscrits dans une approche One Health ?

M.-C. P. : L’objectif du premier projet DynamINT, lancé en 2012, était de mieux comprendre le fonctionnement des intégrons afin d’identifier de nouvelles pistes de lutte contre la multirésistance bactérienne. Les intégrons sont un outil génétique efficace permettant aux bactéries de s'adapter aux stress environnementaux et nous avons démontré l’existence d’un système d'induction, c'est-à-dire d’un système qui se déclenche sous l'effet des antibiotiques, et qui va permettre l’acquisition de nouveaux gènes de résistance. Nos travaux ont débuté in vitro, mais nous avons ensuite développé des modèles in vivo, notamment en biofilm, un mode de vie bactérien que l’on trouve, entre autres, dans le tube digestif ou dans les tuyaux des égouts. Cette volonté de confirmer nos résultats dans la « vraie vie » était un premier pas vers une approche One Health.

Le second projet, PRE-EMPT, a débuté fin 2020. Entre les deux projets, l’approche One Health s’est ancrée dans nos pratiques, avec un continuum patient-animal-environnement et de l’in vitro à l’in vivo. PRE-EMPT illustre parfaitement cette dynamique, car nous sommes partis de l'environnement pour identifier de nouveaux gènes de résistance aux antibiotiques et mieux connaître la diversité génétique dans l'ensemble des écosystèmes. Nous avons travaillé à partir de prélèvements réalisés dans des milieux présentant différents degrés d’anthropisation³, en partant de zones protégées situées dans la région du bassin d’Arcachon et en allant jusqu’à des zones fortement anthropisées, telles que les effluents d’un hôpital. Le projet a permis à la fois de lever des verrous technologiques grâce à des techniques de capture de gènes et d’analyses bio-informatiques innovantes et d’identifier des centaines de nouveaux gènes potentiels de résistance, qui feront prochainement l’objet d’une publication scientifique.

Quel a été l’apport du méta-réseau PROMISE, financé dans le cadre du Programme prioritaire de recherche (PPR) antibiorésistance (France 2030), sur la structuration de la recherche en France ?

M.-C. P. : Lors de la préparation du PPR antibiorésistance, le conseil scientifique a identifié les outils structurants qui manquaient en France pour rendre la recherche plus compétitive. Cela a donné lieu au financement de plusieurs projets, dont le méta-réseau PROMISE.

PROMISE, que je coordonne avec le Dr Bruno François, réunit 120 membres-partenaires. Il vise à encourager le partage de savoirs et d’expertises, et favoriser les échanges entre des acteurs de santé humaine, de santé animale et de l’environnement, qui travaillent habituellement en silo. Ceci nous a permis, entre autres, de développer une plate-forme de données permettant une surveillance de la RAM en France dans une perspective One Health. La collaboration au sein du méta-réseau a aussi permis de constituer des réseaux qui n’existaient pas auparavant : un réseau de recherche préclinique, AntibioDEAL, et un réseau de recherche de surveillance de la résistance dans l’environnement, AMR-Env. Le méta-réseau conçoit également des actions de sensibilisation pour le grand public. Fin 2025, un site web interactif « Antibio, ça résiste… Tous concernés, tous actifs ! »⁴ a été mis en ligne et une bande dessinée est en préparation.

Pourquoi la collaboration internationale est-elle importante dans le domaine de l’antibiorésistance ?

M.-C. P. : Le renforcement des collaborations internationales, et plus particulièrement des interactions entre les politiques publiques et la recherche, est indispensable et peut s’appuyer sur des initiatives et des réseaux déjà déployés au niveau des pays ou des régions.

En matière de recherche et d’innovation, les programmes de financement internationaux jouent un rôle majeur, tels le programme JPIAMR et le partenariat européen OHAMR (One Health Antimicrobial Resistance), deux programmes de recherche soutenus par l’ANR⁵.
En ce qui concerne la santé publique, on peut prendre l’exemple de l’action conjointe européenne sur la résistance aux antimicrobiens, l’EU-JAMRAI, pilotée par la France via l’Inserm, dont j’assure la coordination. Elle rassemble 30 pays européens et plus de 120 partenaires pour faire de l’Europe un modèle de bonnes pratiques. Accès aux antibiotiques, prévention, hygiène, usage, surveillance, etc., toutes les problématiques liées à l’antibiorésistance sont abordées et un réseau de décideurs publics a été créé afin de permettre à chacun de mettre en place dans son pays des mesures adaptées, issues des actions menées dans le cadre de l’EU-JAMRAI.

Des actions de sensibilisation sont également mises en œuvre, notamment la création d’un logo, symbole de l’antibiorésistance, distribué à travers le monde, et la diffusion de la campagne « Dessiner la résistance aux antimicrobiens », qui a donné lieu à un livre et à une exposition itinérante pour sensibiliser les Européens à l’importance de préserver l’efficacité des antimicrobiens car « Prendre soin de nos antibiotiques, c’est prendre soin de notre vie à tous »⁶.

¹ UMR 1092 - RESINFIT - Anti-Infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (Inserm/Université de Limoges/CHU de Limoges)
² Source : Ploy M.-C. et Madec J.-Y. (2025) L’Antibiorésistance, un défi global, des actions communes, Med Sci (Paris), 41(11). https://doi.org/10.1051/medsci/2025188 
³ Transformation des milieux naturels par l’activité humaine 
⁴ https://www.antibioresistance-une-seule-sante.fr/ 
⁵ Marie-Cécile Ploy a été vice-présidente du programme international de recherche JPIAMR et est membre du comité stratégique du partenariat européen OHAMR. 
⁶ https://eu-jamrai.eu/fr/dessiner-la-resistance-aux-antimicrobiens/

Illustration : Site web interactif www.antibioresistance-une-seule-sante.fr, créé dans le cadre du projet PROMISE