Deciphering plant-microbiome interactions to enhance crop defense to bioagressors

Des résultats prometteurs montrent que la diversité inexploitée du microbiote du sol peut influencer la tolérance/résistance des plantes à des ravageurs. L’agriculture moderne doit donc relever le défi de concevoir une nouvelle génération de solutions agroécologiques permettant d’accroître la résistance des plantes aux stress biotiques pour une production végétale et une protection des plantes plus saines et durables. Cependant, la conception de microbiote synthétique spécifique de plante nécessite une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents aux interactions du microbiote de plante dans un contexte écologique réaliste. Dans ce cadre, sur la base d'un consortium multidisciplinaire et d'approches novatrices, DEEP IMPACT vise à combiner l'écologie, la biologie, la génétique des plantes et les mathématiques pour identifier, caractériser et valider les communautés microbiennes, les communautés végétales et les facteurs abiotiques (pratiques agricoles) modulant la résistance de Brassica napus et Triticum aestivumà plusieurs parasites. 

En 2024, nous avons finalisé la production (microbiome) et collecte des données du terrain (climatique, sols et les facteurs biotiques communautés de mauvaises herbes, attaques de ravageurs et prévalence du pathobiote) associées aux 200 parcelles du réseau d’agriculteurs (WP1). Toutes les données, (il manque quelques données viromes) ont été consolidées et archivés dans notre système d’information. La stratégie pour les versés dans un dépôt public et rédiger un data paper en amont de des articles scientifiques a été arrêtée. La caractérisation des interactions champignon-pathogène et plante-champignon-pathogène a été réalisé sur les collections de bactéries et champignons réalisées sur les mêmes échantillons de terrain. Elles permettront de guider et reconstruire des microbiotes synthétiques pour valider les observations aux champs et déterminer les bases génétiques des interactions.