Novel Anti-Infectives with Limited Resistance

Les travaux visant à caractériser les 4 nouveaux pseudopeptides (Pep15, Pep16, Pep18 et Pep19) se sont poursuivis. Le WP1 est quasiment terminé et il ne reste plus qu’à confirmer l’effet ‘anti-persisters’. Dans les WP2 et WP3, l’étude des mécanismes d’action et de résistance a bien avancé chez les bactéries à Gram négatif (Enterobacter cloacae complex, Escherichia coli, Acinetobacter lwoffii). Les gènes skp, degP et surA codant pour des protéines périplasmiques impliquées dans le transport des protéines de la membrane externe (OMP) ont été confirmés comme associés à des différences de sensibilité aux peptides chez E. clocacae complex et E. coli. Le rôle des phospholipides (notamment de type phosphatidylglycérol) et des protéines impliquées dans leur métabolisme (notamment la voie Mla) a été aussi identifié par des essais de perméabilisation sur LUV et de criblage CRISPRi, respectivement. Des analyses comparatives de protéomique (abondance des OMP) et de lipidomique entre les mutants et la souche sauvage sont en cours chez E. coli. Les premières données de biologie structurale (AlphaFold 3) sont également en faveur d’une interaction possible avec des OMP (BamA, LptD) et des confirmations expérimentales sont en cours. Ces données soutiennent un mécanisme à cibles multiples impliquant l’homéostasie des OMP et des interactions lipidiques. Des mutants ont aussi été obtenus chez Staphylococcus aureus et sont en cours d’étude par analyse lipidomique et métabolomique. Pour le WP4, une synergie entre Pep16 et céfidérocol a été mise en en évidence sur des souches multi-résistantes d’E. coli à la fois in vitro et en modèle murin de péritonite. Concernant le WP5, les données obtenues avec le système en micro-plaques MiPRO n’ont pas montré pas d’effet significatif sur la composition et la fonction du microbiote aux 3 doses et aux 2 temps testés. Pour le WP6, le dosage des peptides dans les matrices environnementales a été développé par LC-MS/MS et les manipulations d’hydrolyse, de photolyse, d’adsorption et de biodégradation ont montré que le Pep16 était peu persistant dans l’environnement et qu’il existait plusieurs produits de transformation. L’impact de Pep16 sur les communautés microbiennes se développant en biofilms naturels d’eaux douces est en cours d’étude.