Utilisation du volatilome et du métabolome pour identifier des biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic et la compréhension de la légionellose – METABOLEGIO

Legionella est l’agent causal de la légionellose, une pneumopathie aiguë communautaire associée à des signes digestifs dans 20 à 50% des cas, et caractérisée par une incidence croissante et une mortalité élevée. Ce projet vise à une meilleure compréhension de la pathogénèse de l'infection en lien avec sa sévérité, et l’identification de biomarqueurs visant le développement d’outils pronostiques simples.
Au cours de la légionellose des modifications majeures du microbiote pulmonaire sont observées associant la prédominance du pathogène Legionella et disparition du microbiote basal. Par ailleurs, pour d’autres pathogènes respiratoires, des études ont montré un lien entre les compartiments digestif et pulmonaire (axe intestin-poumon) où les métabolites produits par le microbiote intestinal conditionnent les réponses immunologiques systémiques. Aucune étude n’a investigué l’axe intestin-poumon et les modifications métaboliques causées par les microbiotes, Legionella et/ou l’hôte au cours des légionelloses.
Combinant des approches métabolomiques, métataxonomiques et métatranscriptomiques sur des prélèvements pulmonaires, sanguins, de selles et d’urines recueillis prospectivement chez 120 patients, nos objectifs sont : (1) d’initier l’étude des métabolites clés, et particulièrement ceux impliqués dans la pathogénèse et la sévérité des légionelloses ; (2) d’identifier des marqueurs métaboliques à valeur ajoutée pour le diagnostic et/ou le pronostic des légionelloses ; (3) de permettre une meilleure compréhension des interactions entre et au sein des microbiotes digestif et pulmonaire au décours de l’infection.
A l’interface de la recherche fondamentale et clinique, le projet réunit des experts dans les champs de la microbiologie clinique, des interactions hôtes- pathogène, la biochimie, la métabolomique et la métagénomique. Il fournira une preuve de concept pour une approche diagnostique et pronostique des légionelloses par des solutions rapides et non invasives.