Identification des espèces microbiennes et de leur métabolites modulant le métabolisme énergétique de l'hôte via la modulation des fonctions de l'épithélium de l'intestin grêle proximal – MicroPSI

Le microbiote intestinal est connu pour être impliqué dans la physiopathologie de l'obésité et du diabète de type 2. Cependant, l'impact de la majorité des espèces du microbiote est encore inconnu. Seule une poignée d'études s'est concentrée sur le rôle du microbiote de l'intestin grêle dans l'obésité humaine, malgré les fonctions critiques de ce segment du tube digestif dans la digestion, la détection et l’absorption des nutriments et dans la production d'entérohormones.
Ce projet vise à combler cette lacune en caractérisant de manière exhaustive le microbiote de l’intestin grêle proximal et son impact sur le métabolisme et l'inflammation de l'hôte. Nous combinerons la culturomique microbienne à des expériences ex vivo et in vivo, avec trois objectifs principaux. Le premier est d'étudier les relations entre la composition du microbiote de l'intestin grêle proximal, les variables cliniques, le protéome et le métabolome jéjunaux dans une cohorte pilote déjà constituée, et ce afin d'identifier les signatures microbiennes associées aux changements métaboliques et inflammatoires. Le deuxième est d'identifier les souches bactériennes et fongiques du microbiote de l'intestin grêle proximal qui affectent les fonctions épithéliales clés en utilisant des modèles d'intestins sur puce et des organoïdes jéjunaux humains. Nous chercherons à identifier les métabolites microbiens contrôlant les fonctions épithéliales par métabolomique comparative entre souches actives et inactives afin de sélectionner des molécules candidates que nous testerons selon les mêmes approches ex vivo. Dans l’objectif 3, nous testerons l’impact de souches et métabolites identifiés dans des modèles précliniques de maladies métaboliques associées à l’obésité.
Ce projet vise à élucider le rôle central du microbiote de l'intestin grêle proximal dans la régulation du métabolisme de l'hôte en combinant la culturomique à une approche multidisciplinaire avec pour objectif final d’ouvrir la voie à des interventions thérapeutiques dans les maladies métaboliques centrées sur le microbiote de l'intestin grême proximal.