Exploration des paysages transcriptionnels des bactéries cultivables et non cultivables de l’intestin humain à l'aide d'émulateurs in vitro de la transcription. – RNADarkMatter

Mon projet vise à développer une plateforme in vitro permettant d'exprimer et d'étudier l'expression génétique chez des bactéries modèles et des bactéries non-modèles, cultivables ou non-cultivables du microbiome intestinal humain.
Les organismes non-cultivables représentent la grande majorité des bactéries intestinales mais sont mal connus. La diversité de leurs conditions de croissance, de leurs comportements et de leurs compositions rend les protocoles standard d'expression génétique et de production de protéines inefficaces limitant la compréhension de ces organismes.
Je propose d'utiliser des systèmes « cell-free » et de construire une collection de plasmides conçus pour émuler les machines de transcription d’organismes du microbiote intestinal humain. Les systèmes « cell-free » sont constitués d'un mélange contenant un extrait cellulaire complété par un tampon énergétique et des acides aminés. Comme les processus de transcription et de traduction restent actifs, des protéines peuvent être produites directement en ajoutant de l'ADN. Le protocole nécessite de grands volumes de culture qui ne peuvent être obtenus avec des organismes non-cultivables en laboratoire. Cependant, le système « cell-free » peut produire des machineries de transcription d'organismes non-modèles.
L'objectif de cette plateforme est d'exprimer des génomes complets ou partiels (naturels, amplifiés par PCR ou synthétisés) d'une manière systématique et contrôlée. Je mesurerai les transcriptomes exprimés dans une large gamme de conditions (différents facteurs sigma, régulation de la transcription ). Ce projet jettera les bases de la génomique fonctionnelle pour des organismes dont seule la séquence génétique est connue.