MAP-Chip: caractérisation à haut débit de la cinétique de liaison au niveau de la molécule unique – MAP-Chip

Les anticorps sont des réactifs essentiels pour la recherche ainsi que pour les applications. Les pipelines de découverte d'anticorps se heurtent souvent à un goulot d'étranglement lors de la validation des candidats issus d'expériences de sélection (e.g. présentation sur phages).
Nous proposons MAP-Chip, une approche à la molécule unique à haut débit pour mesurer simultanément les taux d'association et de dissociation des anticorps avec grande précision. Des panneaux d'anticorps, identifiés par un code-barres peptidique, sont exprimés sous forme de mélange et capturés dans les nano ouvertures d'un réseau de guides d'ondes en mode zéro. La cinétique de liaison pour chaque anticorps est mesurée, à l'aide d'antigènes marqués par fluorescence, et associée à des variants spécifiques en lisant leur code-barres à l'aide du séquençage peptidique à la molécule unique, développé par le partenaire industriel. Cela permet d’associer un phénotype donné (cinétique) à un variant donné. Des expériences initiales sur un panel de cinq nanobodies ont validé les aspects clés de MAP-Chip mais mettent en évidence des limites en termes de débit et de gamme dynamique. Pour augmenter le débit, nous concevrons et testerons de répertoires de codes-barres, plus vastes et résistants aux erreurs, optimisés pour le séquençage de peptides à molécule unique. Pour étendre la gamme dynamique, actuellement limitée par le photoblanchiment irréversible de l'antigène, et permettre la mesure de la cinétique de dissociation des anticorps de haute affinité, nous développerons une approche de cycle de fluorophore. Le complexe antigène/anticorps sera détecté dynamiquement par une molécule rapportrice fluorescente qui se lie à l’antigène avec une cinétique rapide. Nous appliquerons MAP-Chip pour caractériser les ‘hits’ issus de sélections, en comparant les résultats aux techniques standard. Enfin, nous utiliserons MAP-Chip pour mûrir par affinité ces hits avec un contrôle fin des paramètres cinétiques.