Dégradation des acides gras chez M. xanthus et E. coli : tuer ou survivre – Fattymix

Les acides gras (AGs) sont des acides carboxyliques composés d’une chaine aliphatique saturée ou (poly)insaturée. Ils sont les constituants majeurs des lipides bactériens en particulier en tant qu’esters dans les phospholipides membranaires. Les AGs se trouvent également dans l’environnement sous forme libre et la plupart des bactéries possèdent au moins une machinerie de ß oxydation qui permet de dégrader les AGs afin de les utiliser comme source de carbone et d’énergie. Les connaissances sur ce métabolisme proviennent en majorité d’études réalisées sur la bactérie modèle E. coli, en utilisant un nombre limité d’AGs saturés ou monoinsaturés. Ces conditions sont donc loin de refléter l’importante diversité chimique des AGs que l’on retrouve dans la nature, et dont la dégradation nécessite des activités enzymatiques spécifiques. De plus, les génomes bactériens possèdent très souvent plusieurs paralogues des différentes enzymes impliquées, et la contribution précise de chacune reste souvent une inconnue.
Dans ce projet, nous souhaitons élucider deux nouveaux aspects distincts de la dégradation des AGs - dans la prédation et dans l’adaptation à l’arrêt de croissance - et cela dans deux modèles bactériens distincts, M. xanthus et E. coli. En combinant des approches bioinformatiques, biochimiques et génétiques dans les deux modèles, nous souhaitons déterminer le rôle de toutes les enzymes potentiellement impliquées dans la dégradation des acides gras, afin d’établir la spécificité de substrat AG de chacune des enzymes dégradatives codées par ces bactéries et surtout d’identifier le processus physiologique auquel elle contribue. Nos trois équipes de recherche offrent toutes les expertises nécessaires et complémentaires, tant conceptuelles que méthodologiques, dans la dégradation et le métabolisme des acides gras (E. Bouveret, institut Pasteur), la physiologie et la prédation chez M. xanthus (T. Mignot, LCB), et la phylogénétique et la bioinformatique (B. Habermann, IBDM).