Des métabolites spécialisés timides : Un rôle pour les effecteurs non-protéiques dans les interactions plante-champignon ? – ShySM

Le projet ANR-JCJC ShySM a pour but de comprendre le rôle joué par les métabolites spécialisés que produisent les champignons phytopathogènes hémibiotrophes spécifiquement au cours l’infection. Le projet se focalisera sur les molécules produites au cours de la phase biotrophe, là où leur rôle est susceptible d’être important pour la manipulation des défenses de la plante hôte et l’installation de la maladie en amont de la phase nécrotrophe. Des données préliminaires de transcriptomique indiquent que ces métabolites spécialisés ne sont pas produits par ces champignons pathogènes en condition de laboratoire et peuvent donc être qualifiés de cryptiques ou ‘timides’. Elles indiquent également que ces molécules sont produites en vagues successives correspondant aux étapes du cycle infectieux : pénétration de l’hôte, phase biotrophe. Ces caractéristiques font qu’il est particulièrement difficile de les purifier en quantités suffisantes à partir de tissus infectés pour (i) déterminer leur structure chimique, (ii) identifier leurs activités biologiques et caractériser leur mode d’action.
Avec ce projet pluridisciplinaire, nous proposons de combiner de façon innovante des approches de biologie synthétique, de métabolomique et de protéomique pour produire les métabolites spécialisés d’intérêt en quantités suffisantes à la fois pour leur élucidation structurale et pour étudier leur mode d’action. La définition du mode d’action de ces molécules passera par l’identification des cibles protéiques chez la plante à l’aide de méthodes non ciblées. Les interactions protéine-métabolite spécialisé seront ensuite validées à l’aide de tests ciblés in planta incluant des lignées rapportrices puis des tests biochimiques. Le projet JCJC ShySM établira le rôle que les métabolites spécialisés fongiques jouent dans l’établissement des phases précoces de la maladie et fournira les connaissances fondamentales nécessaires à la conception de nouveaux moyens de lutte contre ces agents pathogènes.