Souris des villes, souris des champs : adaptations, résistance, pathogènes et gestion le long d’un gradient d’anthropisation – MiCity

Parmi les espèces synanthropes, la souris domestique (Mus musculus) figure parmi les plus abondantes et les plus proches de l’homme, occasionnant des dommages et représentant un risque majeur en tant que porteuse de pathogènes. La souris fait face à de multiples challenges adaptatifs le long du gradient d’anthropisation : exposition aux animaux domestiques ou sauvages, conditions anthropiques variées (thermiques, alimentaires, habitat…), exposition aux rodenticides, fréquence et patrons de translocation entre populations ; le tout pouvant influencer la transmission des pathogènes. La réponse des souris et de leur cortège zoonotique en relation à l’habitat demeure cependant très mal connue. Le but du projet est donc de mieux comprendre comment la souris en tant qu’élément de la biodiversité mais aussi nuisible à gérer et vecteur zoonotique potentiel, fait face aux challenges de l’urbanisation, en intégrant des approches d’écologie, génomique, biologie évolutive, toxicologie, infectiologie, et sciences vétérinaires. L’étude sera implémentée autour de Lyon et ses environs, avec cinq types d’habitats : Lyon centre, banlieues, périphérie, milieu rural, ainsi que les villes en milieu rural mais en expansion récente, qui pourraient constituer des zones privilégiées de contact entre populations urbaines et rurales. Le projet sera organisé en tâches dédiées à l’échantillonnage, la structure génomique des populations, la caractérisation des pathogènes véhiculés par les souris, les stratégies adaptatives développées au long du gradient d’urbanisation, et l’intégration des données au moyen de modèles testant les scénarios d’interdépendance des différentes composantes de l’adaptation et de la charge en pathogènes, afin de, in fine, proposer des stratégies de gestion adaptées aux environnements locaux. Le projet impliquera trois laboratoires (LBBE, LEHNA et RS2GP) ayant déjà établi des collaborations et amenant les compétences complémentaires requises pour le projet.