Explorer la diversité génétique d'E. coli pour mieux comprendre comment les protéines anti-adaptatrices modulent la réponse générale au stress. – IrAdapt

La bactérie E. coli est retrouvée dans divers habitats naturels auxquels elle doit s’adapter. La réponse générale au stress est une réponse adaptative majeure médiée par le facteur sigma alternatif RpoS. RpoS contrôle l’expression de ~500 gènes impliqués dans des processus responsables de problèmes majeurs de santé publique tels que la virulence, la formation de biofilm, la résistance aux antibiotiques et la persistance. Cependant, les connaissances actuelles sur RpoS reposent principalement sur des études menées sur des souches de laboratoire atténuées d’E. coli, sous-estimant ainsi le rôle de ce régulateur dans l’adaptation bactérienne. Afin d’appréhender pleinement le rôle de RpoS, il est essentiel de mener ces études avec des isolats naturels d’E. coli (commensales, environnementales et pathogènes). L’objectif du projet IrAdapt est d’explorer la diversité d’E. coli pour mieux comprendre comment RpoS est régulé et les conséquences sur la physiologie cellulaire. La quantité de RpoS est contrôlée au niveau post-traductionnel par des protéines anti-adaptatrices qui le protègent de la protéolyse. Nous souhaitons caractériser de manière approfondie cette famille de protéines via trois axes principaux. Dans un premier axe, nous identifierons l’ensemble des anti-adaptateurs et leur réseau de régulation dans la bactérie modèle E. coli K-12. Le deuxième axe sera consacré à l’étude phylogénomique des anti-adaptateurs afin d’étudier leur distribution, leur conservation et leur évolution parmi les phylogroupes d’E. coli. Enfin, nous explorerons dans un troisième axe l’impact des anti-adaptateurs sur la stabilisation de RpoS et l’adaptation au stress à partir d’isolats représentatifs de la diversité d’E. coli. Comprendre comment les bactéries s’adaptent aux changements de leur environnement est un enjeu de santé public majeur afin de combattre l’émergence de nouveaux pathogènes en liaison avec le changement climatique et/ou les activités humaines.