Evolution du Système Immunitaire des Plantes – EPIS

La résistance naturelle des plantes aux maladies repose en grande partie sur un très grand nombre de récepteurs immunitaires (IRs). Ces récepteurs sont codés par des gènes qui ont des caractéristiques particulières : il se dupliquent à un taux très élevé, présentent une diversité nucléotidique particulièrement importante et ils sont organisés dans des loci complexes qui varient y compris entre individus d’une même espèce, ce qui complique par ailleurs leur annotation et leur analyse. L'hypothèse centrale du projet EPIS est que cette architecture génétique donne au système immunitaire des plantes une capacité de réponse différente du reste du génome à des évènements sélectifs et démographiques. Nous proposons de tester cette hypothèse en se plaçant dans le cadre de la domestication du riz qui a causé une réduction considérable de la diversité génétique des formes cultivées par rapport aux formes sauvages.
Le projet EPIS étudiera l'impact de la domestication sur les IRs du riz asiatique, Oryza sativa et de sa forme sauvage, Oryza rufipugon en (1) établissant un inventaire des IRs dans un panel de riz sauvages et cultivés, (2) utilisant ce pan-IRome de riz pour élucider les effets de la domestication et de la sélection sur la diversité des IRs et étudier les mécanismes évolutifs sous-jacents, (3) mettant en relation les signatures de sélection avec le rôle des IRs dans la réponse immunitaire au pathogène fongique du riz, Pyricularia oryzae. Le projet EPIS développera de nouveaux concepts et méthodes pour l'établissement de pan-IRomes des plantes et produira des connaissances fondamentales sur la capacité évolutive de leur système immunitaire. Augmenter la résistance des cultures aux maladies est un enjeu majeur pour l’agriculture de demain qui doit réduire l'utilisation de produits phytosanitaires. EPIS produira également des connaissances directement utiles dans les programmes d’amélioration des plantes cultivées.