Évolution de l'architecture génétique des traits quantitatifs – EvoGenArch

Un défi majeur en biologie évolutive est de comprendre et de prédire l'évolution des traits phénotypiques influencés par de nombreux gènes, c'est-à-dire les traits quantitatifs, qui représentent la majorité des traits adaptatifs. Pour ce faire, nous avons besoin d'une connaissance précise de l'"architecture génétique" d'un caractère, définie ici comme la distribution statistique des effets des gènes sur le phénotype. Cependant, il n'a toujours pas été possible de vérifier avec certitude les prédictions théoriques à l'aide de données empiriques, en raison d'un manque d'une méthode pour inférer avec précision l'architecture génétique.

Dans ce projet, je développerai une nouvelle méthode statistique pour déduire avec précision l'architecture génétique des caractères dans la nature, en tirant parti de la corrélation statistique entre des positions voisines dans le génome, ou déséquilibre de liaison. En utilisant la puissance d'un nouveau séquençage à lectures liées pour obtenir des informations sur la recombinaison, j'appliquerai cette nouvelle méthode pour étudier le lien entre l'architecture génétique des caractères et le "régime évolutif", c'est-à-dire les caractéristiques des facteurs sélectifs et neutres. Premièrement, j'effectuerai une étude approfondie du lien entre la sélection et l'architecture génétique sur une population sauvage de lézards communs étudiée à long terme. Deuxièmement, j'appliquerai ma méthode à des traits analogues chez plus de 20 espèces afin de déduire leur architecture génétique et d'utiliser les connaissances sur le régime évolutif et le contexte phylogénétique pour évaluer l'influence de ces composantes sur la variation de l'architecture génétique.

En combinant une nouvelle méthodologie avec des analyses sur une seule espèce, et en comparant plusieurs espèces, ce projet fournira une base empirique solide pour réfléchir à l'architecture génétique. À son tour, cette compréhension de la distribution attendue des effets des gènes en fonction du contexte évolutif, améliorera notre capacité à prévoir l'adaptation, à prédire le phénotype à partir des données génomiques et à localiser les gènes dans divers domaines tels que l'évolution, l'agronomie, la conservation et la santé humaine.