Une étude intégrée des ARN régulateurs et des protéines les reconnaissant dans diverses bactéries – IntRNAReg

La révolution technologique a conduit à la caractérisation de nombreux ARN non codant et de leurs co-facteurs. Certains de ces gènes contiennent l’information pour des petits cadres de lecture ouverte (sORF). Des travaux pionniers, menés sur des bactéries modèles à Gram négatif, ont caractérisé un grand nombre de ces régulateurs et élucidé de nouveaux mécanismes et concepts de régulation. Cependant les espèces bactériennes diffèrent énormément par leur physiologie, leur contenu génétique et leurs mécanismes de régulation. Il est donc important d’obtenir des informations sur les bactéries distantes dans l’évolution qui possèdent des modes de vie et des machines moléculaires différentes comme les bactéries pathogènes à Gram positif et celles requises pour les cycles biogéochimiques et de l’environnement.
IntRNAReg caractérisera l’ensemble des interactions ARN-ARN et des protéines les reconnaissant chez le pathogène Staphylococcus aureus (P1) et la bactérie photosynthétique Synechocystis 6803 (P2). La compilation des analyses statistiques et bioinformatique (P2 et P3) générera les réseaux de régulation et les paramètres physiologiques attenant à ces réseaux pour répondre à des questions clés : Quels sont les gènes régulés par plusieurs ARN? Quels sont les réseaux d’interactions qui impactent la physiologie? Quelle est la complexité des mécanismes de régulation médiés par les ARN et leurs co-facteurs? Est-ce que ces ARN (codant pour des peptides ou pas) contribuent au comportement de la population et aux interactions hôte-pathogène ? Les trois partenaires ont des expertises complémentaires à l'interface de la biologie computationnelle et de l'ARN, de la microbiologie moléculaire et de la biologie des systèmes microbiens pour étudier les voies conservées et spécifiques aux deux espèces impliquant les ARN, associées à la virulence et à l'acclimatation aux changements de l’environnement. IntRNAReg devrait conduire à des applications thérapeutiques et en biotechnologie.